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我正在尝试将基因名称列表转换为 entrez 基因 ID。

现在我有这个：

这将创建一个包含 entrez 基因 ID 和名称的表。但是如何根据我的基因列表过滤掉 ID？

这是基因名称列表的示例： 基因名称

它只是一个 excel 文件，总共有几百个基因名称。

希望有人可以帮助我！

我从 NIH GEO 下载了一个广泛的数据集，并试图将第一列中的 Ensembl 名称转换为 MGI 符号

我命名为 SOD 的表如下所示

SOD 数据 - 总行数 = 15,396

我使用了以下代码：

这会输出一个包含超过 55,000 行的 ensembl 和 MGI 符号列表。

我尝试添加filter = "ensembl_gene_id到getBM函数中，但输出有 0 行和 0 列。

我在这里做错了什么？

我正在尝试安装 Biomart 包，我使用了以下代码：

我收到此警告消息：

请问有人帮忙吗？谢谢。

我有这个代码（来自这里）：

但是当我检查G_list时：它是空的。

我明白为什么：

这里有一些我在基因中的 ensembl_gene_id 的例子：

如果我将此 ID 提供给getBM()，它不会返回任何内容。

但是，如果我删除该点之后的数字和这样的点：

我得到了预期的结果。

有没有办法给gene_ID加分并获得预期的结果？

我有一个来自 CLC 基因组学工作台的 RNA-seq 读数输出，用于拟南芥。基因列表包含基因名称（即“TRY”、“TMM”、“SVP”、“FLC”）和 ID（例如“AT1G01390”、“AT1G01310”、“AT1G01240”）的混合。我想将它们全部转换为基因名称，因此我可以通过 GO 术语 R 包运行它（该包似乎不读取像 AT1G01390 这样的 ID）。

当我使用 biomaRt 的 getBM() 函数时，它返回的基因比我正在读入的基因列表要少得多。CLC 的原始列表包含所有拟南芥基因 (27,655)，而 getBM() 的输出通常包含 12,085 个或更少的基因名称。

以前有人成功完成过这种类型的转换吗？

提前致谢！

我尝试了各种类型的属性，但都没有奏效。

我有一个名为的数据集kidney_ensembl，我需要将 Ensembl ID 转换为基因名称。

我正在尝试下面的代码，但它不起作用。有人可以帮助我吗？

我知道有类似的问题，但他们没有帮助我。非常感谢！

从 Ensembl 基因 ID 转换为不同的标识符

如何将 Ensembl ID 转换为 R 中的基因符号？

使用 biomaRt 包执行 R 命令时，我经常收到错误“内部服务器错误 (HTTP 500)”。使用基本命令，例如

但是，这些命令有时会起作用。我不确定这是否是 Biomart 服务器端的问题，或者是否有什么可能导致我端出现问题，例如旧包（我尝试重新安装 Biomart）。有没有人处理过类似的问题？

与 无法使用 biomaRt 包从 Entrez ID 获取基因符号相关

该代码的工作原理很吸引人，但我想将其保存到我当前的CSV 文件中，而不仅仅是“查看”它（添加一个额外的列也可以完成这项工作，我得到了超过 65k 个 ID）

我正在尝试使用 bioconductor 的 getBM() 函数来检索某些基因的序列。这是我的脚本：

这个脚本给了我以下错误：

我无法理解。

谁能帮我解决这个问题？谢谢！

我有一个由 ensembl_gene_id 列出的 RNA-seq 数据的大型数据表，但我想转换为 hgnc_symbol，以便于热图上的可视化。

到目前为止，我有以下代码 - 但不知道如何继续。从一开始就转换名称会更好，还是仅在子集数据上转换？

我也更熟悉 python，通常我会使用字典来映射 ensembl_gene_id 和 hgnc_symbol，但是在 R 中，不知道如何去做。我的直觉说 for 循环是不可扩展的。

任何建议，将不胜感激。

一些相关的输出：