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我有一个大型基因表达数据集，我正在尝试使用 RStudio 中的 biomaRt 将基因标识符转换为基因名称，但是由于某种原因，当我在我的数据帧上使用合并功能时，我的整个数据表被错误地合并/抹去。我在这里查看了以前的问题，但无论我尝试什么，我的代码似乎都无法正常工作。无限感谢！

问题从这里开始：

这是一些输出（我正在努力）：

编辑：问题解决了！原来我引用getBM错了。谢谢你们！

我最近使用 30 个不同的 RNA-seq 样本制作了一个无监督的层次聚类热图。x 轴标记为每个样本的名称，y 轴显示以小鼠 Ensembl ID 表示的 100 个最可变基因（例如 ENSMUSG00000020573）。

我只是想知道在我将 Ensembl ID 输入到 pheatmap() 函数之前，是否有办法用基因名称（例如 Pik3cg）替换 Ensembl ID。

我的输入表是：

我使用 colnames(mat) <- c() 手动更改了列名，但我想知道如何使用不同的函数更改行名（Ensembl ID），以便我可以在进一步的图中重现它。

我试图阅读有关使用 biomaRt 和其他软件包的信息，但似乎无法找到一种方法来做到这一点。

任何帮助将非常感激！

我有同样的问题查询区域内的基因，但数据很大并且产生了某些问题。我的数据就像

. . .

d<-read.table("1.txt")

我的问题是我们可以在这段代码中循环并打印基因名称吗？对于一定的运行间隔。

问题

我正在尝试安装biomaRtR 包，但一直遇到问题。我还注意到，同样的问题也出现在其他一些包上，比如twitteR. 这似乎是一个与curl.

当我在下面运行以下安装命令时：

我收到以下错误消息：

问题

你经历过类似的事情吗？如果是这样，您是如何解决的？

尝试解决

1. 尝试安装此处RCurl提到的软件包，但没有帮助。

2. 尝试libcurl3按照此处所述安装。但是，它破坏了 R 安装。

3. 尝试重新安装 R。

以上都不适合我。

R会话信息

我有一个基于许多文件创建的数据集列表。

我正在尝试自动化此操作：

哪个正确使用所有数据集，但输出不正确！

我需要“合并”最终输出对于我的“my.list3”列表中的每个数据集都是唯一的，并且与原始数据集同名

有任何想法吗？

一个生物信息学编程问题。在 R 中，我有一个经典的从物种 A 到物种 B 的基因符号转换，在这个例子中是从小鼠到人类，我使用 biomaRt 执行，特别是 getLDS 函数。

但是，我想获取链接数据库中存在的所有 id：换句话说，所有鼠标/人类对（在此示例中）。告诉getLDS函数中的参数值检索所有id 的东西，而不仅仅是 x 变量中指定的那些。我说的是一张完整的地图，数万行长，指定两个数据库的符号之间的所有直系同源关系。

有什么想法或解决方法吗？非常感谢！

我正在使用pybiomart python包，我想使用此处提供的过滤器之一。其中一个过滤器是boolean_list类型。我不确定在使用该类型的过滤器值时如何传递参数。我通过显示以下内容的方法 知道它是boolean_list类型：dataset.list_filters()

我的查询如下：

我在这里所做的是我将a作为过滤器dic中相应过滤器的值传递。我认为我将a定义为 boolean_list （这是我的想法）。我将 a 定义为 20 个布尔值的列表，False除了我需要的那个之外，我都做了True。请从biomart网站的 GUI 中查看下面的屏幕截图。我想选择With Pfam ID(s)作为该过滤器的值（id_list_protein_domain_and_feature_filters）问题是当我运行该查询时，我收到以下错误：

我要做的基本上是选择组合框中的一项（如下面来自 biomart 网站 GUI 的屏幕截图）提前谢谢。

我有一个基因组位置列表如下：

我想知道它们是CDS、5'UTR、3'UTR、内含子、ncRNA、基因间等。为此，我想使用 biomaRt 如下：

总结这些信息的属性是什么？我尝试使用 listAttributes() 函数，但无法确定哪一个是正确的。任何想法 ？

我在使用 bioconductor 安装 biomaRt 时遇到问题。我已经在带有 R 3.6 的 Rstudio 中安装了这个包而没有错误，但是在 conda 特定环境容器中使用 R 4.0，我在使用 RSQLite 时遇到了错误。

这里有这个消息：

如果有人有想法或解决方案...

我必须将我的 scRNA-seq 数据中的基因名称转换为集成 ID 以进行下游分析。我使用了 biomaRt 包，它转换了一些基因名称：

但是，它会为一个基因返回几个 ensemble id，如下所示：

在这种情况下，我应该指定基因位置还是染色体编号？