我必须将我的 scRNA-seq 数据中的基因名称转换为集成 ID 以进行下游分析。我使用了 biomaRt 包,它转换了一些基因名称:
library(biomaRt)
ensembl = useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
biomart_hgnc <- getBM(attributes = c("hgnc_symbol", "ensembl_gene_id"),
filters = "hgnc_symbol",
values = rownames(LeeCRCtumor), bmHeader = T, mart = ensemble)
但是,它会为一个基因返回几个 ensemble id,如下所示:
在这种情况下,我应该指定基因位置还是染色体编号?