问题标签 [biomart]
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r - biomaRt：无法访问斑马鱼数据集
我无法在 R 中使用 biomaRt 访问斑马鱼合奏数据库...
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斑马鱼数据库在哪里？
那返回：
虽然它看起来像正确的名称（我正在关注一个教程）......发生了什么？
r - 使用 Biomart hsapiens_gene_ensembl 数据集时出现错误消息。有谁知道怎么解决？
这是我用来尝试连接到 hsapiens 数据集的代码：
这是控制台中出现的错误消息：
我很困惑为什么我会收到这个错误，因为它说这个数据集是一个无效的数据集，但我检查了它确实是有效的。
r - 计算小鼠基因的旁系同源物数量给了我错误的频率
我正在尝试使用 BioMart 计算人类蛋白质编码基因的小鼠同系物的旁系同源物数量。但例如在“PLIN4”基因中，它的计数是 35,000 个旁系同源物而不是 4 个。
我们认为这是因为一些基因有一对多的旁系同源物导致重复。当我运行一个基因时，它会给我正确数量的旁系同源物。有没有办法从结果中删除这些重复或解决这个问题，以便 BioMart 不输出这些重复。
我还想过一次运行一个基因，然后通过设置某种循环来计算它，以便它自动处理列表中的所有基因。
到目前为止我写的代码是：
希望有人可以帮助
谢谢
杰克
r - 使用 R 中列表中的值运行循环
我是 R 编程的新手，我正在使用 BioMart 包来提取基因旁系同源物以获得基因列表。
使用下面的“基因”向量是否可以将每个值单独循环到“getBM”函数的值部分，然后将其输出添加到数据框中？
下面是我一直在做的事情，使用基因向量作为值，但它给了我错误的数字，我知道原因。当我单独尝试基因时，值是正确的，这就是为什么我想循环这些值。
r - 为什么 Biomart 为 ensembl 网站提供不同数量的旁白？
这是我用来提取 AA792892 基因的旁系同源物的代码：
结果显示总共有 99 个旁系同源物，但是在查看 Ensembl 网站时，它说这个基因有 100 个。这发生在相当多的基因上，我不知道为什么。
r - 如何使用 R 从列中具有最高变量的数据框中选择行？
如果我有下面提供的数据框，是否有办法为所有基因选择最高 ID。
我想要一个看起来像这样的数据框：
我有比这更大的数据集，所以需要为很多基因做这件事，我就是想不出办法来做
r - R如何安装指定版本的生物导体包？
我想使用的当前版本的包在 bioconductor 上失败了。然而，旧版本曾经可以工作。
我想知道如何安装特定版本的生物导体包？
提前致谢。
在我的例子中，这个包叫做 biomaRt，失败的版本是 2.34.2 而 2.34.0 是成功的。
r - BioMart：有没有办法轻松更改我所有代码的种类？
下面是我代码的一小部分：
这段代码只允许我提取 hsapiens 的旁白，它有一种方法可以让我轻松获得 mmusculus（鼠标）和 ggallus（鸡）的相同信息，而无需使用 Tapply 之类的东西重写代码？我的代码比提供的代码片段长得多，我需要做的就是将单词 hsapiens 替换为 mmusulus 和 ggallus。
r - 如何使用循环更改变量
有没有办法使用循环来编写这段代码？除了物种名称之外，每一行代码都是相同的
r - 使用 biomart 的 lapply 问题
在提取所有人类基因时，我正在尝试使用 lapply 更改物种名称。
我仍在学习如何使用 lapply，我无法弄清楚我做错了什么。
到目前为止，我有：
我创建集市：
设置物种：
然后我尝试使用 lapply：
它给了我一条错误消息：
martCheck(mart) 中的错误：您必须提供有效的 Mart 对象。要创建一个 Mart 对象，请使用函数：useMart。查看 ?useMart 了解更多信息。