问题标签 [biomart]

我在 r 中运行以下代码，但它不起作用。getBM 似乎不适用于任何参数。难道我做错了什么？

我得到的错误是 Error in getNodeSet(html, path = "//div[@class='plain-box float-right archive-box']")[[1]] : subscript out of bounds 我在 r 版本 3.6.3 和 4.1 中都试过了

我通常使用 biomaRt 将基因 ID 转换为符号。但是，这一次我（对于狗）拥有的集成 ID 与 biomart 数据集“clfamiliaris_gene_ensembl”的集成 ID 不匹配。

我还尝试使用 ensembl 门户网站，那里的狗数据集称为 ROS_Cfam_1.0。看起来我的基因与他们数据集中的基因不匹配。我的基因是这样的：

“ENSCAFG00000045440” “ENSCAFG00000000001” “ENSCAFG00000000002” “ENSCAFG00000041462” “ENSCAFG00000000005”

这是我的 biomart 代码：

它找不到我的价值观。我应该为狗使用不同的数据集吗？

我正在分析大量 RNA seq 数据，并使用 Kallisto 将我的数据与转录组对齐。然后，我使用 tximport 将基因名称从 ensembl 分配给我的计数。我正在将我目前分析的结果与 4 年前运行的一些数据进行比较，我注意到在 4 年前的数据中，我最终得到了一个估计有约 50000 个基因的基因计数表，而现在我有大约一半。是否可以查看我使用的是哪个版本的基因注释？基因总量的差异是否可能是我正在使用的 Ensembl 数据集有更新？

我正在使用以下代码使用 Ensembl 数据集：

我还注意到 4 年前的估计基因计数包含数千个类似于 AC253536.2 的基因名称（它们都以 AC 开头），但我现在使用的版本没有输出任何这样的基因名称。有谁知道为什么这些被删除？

谢谢