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我不是 R 方面的专家，但我正在尝试学习如何使用 biomaRt 包来查找位于我感兴趣的区域的基因。

我已经设法使用带有以下代码的 ensembl 数据集生成有效的输出：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position",
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"),
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart)

我知道“entrezgene”对应于 NCBI 基因 ID，但我想从 NCBI 获得基因名称。

有没有办法使用连接到 NCBI 数据库的 biomaRt 并检索该信息？

提前谢谢你。

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键入listAttributes(mart)以查看您可以选择的属性列表

关于基因名称，我认为您可能想要external_gene_id，但也有其他基因名称选项。

于 2017-07-18T11:44:03.587 回答