r - 从基因符号和 ID 获取基因位置

Question

我想从基因符号（例如：TTN）和基因 ID（例如：ENSG00000155657）中获取人类基因组的基因位置。我想用biomaRtR 包来做。我该怎么做？

Answer 1

我不完全确定您所说的基因位置是什么意思，但我认为以下内容应该可以帮助您入门：

ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)
getBM(attributes=c('chromosome_name', 'start_position', 'end_position', 'strand'),
      filters=c('hgnc_symbol', 'ensembl_gene_id'),
      values=list('TTN', 'ENSG00000155657'),
      mart=ensembl)

您可以通过向列表添加额外的向量（在本例中长度为 2）来输入更多过滤器values。

您可以使用该函数listAttributes(ensembl)获取一个 data.frame，其中包含您可以从 biomart 获得的所有属性。

正如@neilfws 所说，biomaRt 用户指南是查找有关 biomaRt 的更多信息的正确位置。我建议您在Bioconductor 支持论坛上询问有关 Bioconductor R 软件包（如 biomaRt）的更多问题。