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在 R 中，如何获取 S4 超类的子类列表？

我找到了 showClass("mySuperClass",complete=FALSE) 但它只打印结果。我想将它存储在一个向量中以使用它。

我对错误感到困惑

我编写了一个 R 包，其中包含一个作为 S3 方法的模拟（）方法的定义。因为已经定义了模拟的泛型，所以我只定义了一个模拟.myclass（在我的例子中是模拟.fitContinuous）。

该软件包还依赖于另一个具有 S4 版本模拟的软件包。加载我的包时，我收到上面的 S4 版本错误。我不确定是什么导致了错误。

通过从 github获取包的可重现示例，或者执行

要从头开始重现此错误：使用最少的说明文件创建一个新包。包括说明进口：哎哟。创建一个 NAMESPACE 并添加 imports(ouch) 和 S3method(simulate, test)。创建 R 目录，添加一个简单的 R 脚本（我已经包含了 roxygen 文档，它将生成我刚才提到的 NAMESPACE，但是这个错误也可以在没有 devtools/roxygen 的情况下创建）：

安装包（如果你愿意，请先用 devtools 记录），然后你会得到错误。

到目前为止，我最好的解决方案是从 NAMESPACE 中删除 S3method 行，并导出完整的函数模拟.test。这将通过检查并在没有警告的情况下安装，但显然是一个较差的解决方案。

一个不同的解决方案是在依赖和导入中添加 ouch，并正确记录 S3 方法（如上）。然后一切都按预期工作，但警告消息仍然存在。

我有一个 S4 类，我想定义这些对象的线性组合。

是否可以在这个特定的类上调度*和+函数？

一个简单的例子是我创建了一个扩展show，这是一个 S4 基础方法。我不想通过在我的包中重新记录来引起歧义分叉，show并且我还想通过为.showmyPkgSpClassshow,myPkgSpClass-method

我遇到的问题是，这会在 roxygen2 构建文档期间导致严重警告，Rd files with duplicated alias 'show':因为此包中有多个类扩展show，并且 roxygen2 已自动将通用术语添加到所有别名列表中相关*-class.Rd文件：

但我认为我不希望在任何情况下都使用通用别名，因为它会强制show在我的包和 base之间消除歧义show。此问题也适用于从其他包扩展的其他 S4 方法，除了show.

如果我将所有特定于类的方法标记到同一个.Rd文件，那么警告就会消失，但歧义仍然存在，因为show仍然会为该文档条目自动添加别名。如果我手动\alias{show}从.Rd文件中删除，那么问题似乎解决了，在 roxygen 或R CMD check pkgname. 那么如何让 Roxygen2 不添加通用别名呢？

其他背景：

这是从上一期关于将 S4 扩展导出/记录到基本方法的问题中构建的一个特定问题： 是否有必要在 R 包中导出基本方法扩展？文档影响？

它比以下有关使用 Roxygen2 记录 S4 方法/类的问题更具体且未涵盖：

如何使用 roxygen2 正确记录 S4 方法

如何使用 Roxygen2 正确记录 S4 类插槽？

我想包含一个 RODBC 连接作为 S4 对象的一部分。看起来 RODBC 是 S3。例如：

抛出undefined slot classes。看起来我想使用setOldClass，但我无法弄清楚如何使用它。假设我确实想要setOldClass，我将如何使用setOldClass以便我可以将我的 RODBC 连接作为插槽包含到我的 Node 类中？

我想在 R 中有一些初始化替换方法，我可以在没有赋值运算符的情况下调用它们。

例如：

我希望能够调用setNode(o)和替换对象 o 中的插槽，而不必调用类似setnode(o) <- c("foo", "bar"). 我想这样做的原因是因为我希望在这些（即select.list）中有一些交互性，而该方法的用户不必知道分配的细节。

这可能吗？

predict用参数object和定义...。我导出了一个类似 PCA 的模型，我称之为 pcaadd 并编写了一个predict.pcaadd函数。到现在为止还挺好。现在我想添加一个 (S4) 方法，该方法适用于object签名和(signature )"pcaadd"中的特定类型的对象 。newdata"hyperSpec"

（如何）如果泛型是用 object且...仅定义的，我可以这样做吗？

这是我目前所做的：检查类newdata并进行适当的处​​理，但这似乎不是一个干净的解决方案：

我想这样做：

..但不知道我可以使用哪种类型的对象来分配 ctree 结果。

感谢您的任何指点，凯

这几乎是一个哲学问题：直接使用访问和/或设置 S4 对象的插槽是否不好@？

我一直被告知这是不好的做法，用户应该使用“访问器”S4 方法，并且开发人员应该为他们的用户提供这些方法。但我想知道是否有人知道这背后的真正交易？

这是一个使用sp包的示例（但可以推广到任何 S4 类）：

我想自动将时间序列返回拟合到 NIG 分布中。使用 fBasics 包中的 nigfit()，我估计了分布的 mu、alpha、beta 和 delta。

这很好用，这意味着 nigfit 绘制了我的参数。但是我想使用估计的参数并将它们保存在变量中。所以我以后可以使用它们。

这行不通。“变量”是类结构fDISTFIT的S4 对象。调用该变量会重新绘制上面 nigfit 的输出。我尝试了以下符号，只得到一个参数：

我在 nigfit 的文档中找不到答案。是否可以将估计的参数保存在变量中？它是如何工作的？