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我对错误感到困惑

found an S4 version of 'simulate' so it has not been imported correctly

我编写了一个 R 包，其中包含一个作为 S3 方法的模拟（）方法的定义。因为已经定义了模拟的泛型，所以我只定义了一个模拟.myclass（在我的例子中是模拟.fitContinuous）。

该软件包还依赖于另一个具有 S4 版本模拟的软件包。加载我的包时，我收到上面的 S4 版本错误。我不确定是什么导致了错误。

通过从 github获取包的可重现示例，或者执行

require(devtools) 
install_github("pmc", "cboettig")
require(pmc)

要从头开始重现此错误：使用最少的说明文件创建一个新包。包括说明进口：哎哟。创建一个 NAMESPACE 并添加 imports(ouch) 和 S3method(simulate, test)。创建 R 目录，添加一个简单的 R 脚本（我已经包含了 roxygen 文档，它将生成我刚才提到的 NAMESPACE，但是这个错误也可以在没有 devtools/roxygen 的情况下创建）：

#' simulate
#' 
#' a test for s3/s4 conflicts
#' @param object who cares?
#' @param nsim guess.
#' @param seed yup
#' @param ... other parameters we will just ignore
#' @return something
#' @method simulate test
#' @S3method simulate test
#' @import ouch
simulate.test <- function(object, nsim = 1, seed = NULL, ...){
  message("This test worked")
}

安装包（如果你愿意，请先用 devtools 记录），然后你会得到错误。

到目前为止，我最好的解决方案是从 NAMESPACE 中删除 S3method 行，并导出完整的函数模拟.test。这将通过检查并在没有警告的情况下安装，但显然是一个较差的解决方案。

一个不同的解决方案是在依赖和导入中添加 ouch，并正确记录 S3 方法（如上）。然后一切都按预期工作，但警告消息仍然存在。

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simulate是在 中定义的 S3 泛型stats，因此根据“编写 R 扩展”的第 1.6.2 节（示例不清楚 - 中定义的泛型有例外base），您的 NAMESPACE 文件应该具有

importFrom(stats, simulate)
S3method(simulate, fitContinuous)

关于“找到 S4 方法”的业务似乎反映了何时发现问题——尝试将 S4 方法添加到不可见的 S3 泛型（我猜“它”指的是泛型simulate）。

于 2012-01-16T19:37:19.923 回答