问题标签 [s4]

我无法在我正在编写的 R 包中定义组泛型。

这是一个相当简单的例子：

如果我将此代码粘贴到 R 终端中，那么一切都会按预期工作：

但是，一旦我尝试将其构建到一个包中，我就会遇到以下错误：

我正在使用 package.skeleton() 的默认输出，并添加了：

进入命名空间文件

知道我做错了什么吗？

在你瞄准和射击之前

我知道这个问题与这篇文章密切相关。事实上，我遵循了各种答案中给出的建议，但仍然觉得生成的帮助文件有点“尴尬”，或者至少看起来有点“混杂在一起”，因此我的问题

实际问题

1. 在记录 S4 泛型及其各自的方法时，我如何最终得到一个 Rd 文件结构，让用户清楚地区分各种方法，从而非常清楚文档的哪个部分具体属于哪个方法？
2. 鉴于我提供了标签，在尝试获得特定@alias方法的帮助时，我该如何实际使用它们？类似的东西，而不仅仅是打字？?foo-character-method?foo
3. 最好不要在通用方法中记录 a) 签名参数，因为每个方法肯定包含各自的文档和 b) 返回值，因为这也取决于各自的方法？

现在，我觉得我最终得到了一个帮助文件，它似乎无法正确区分通用方法和各种方法 - 至少在视觉上没有。

但也许我还没有完全明白这一点;-)。在这种情况下，任何指针都将不胜感激！

这是一个可重现的示例，它生成mypkg包含 S4 泛型和两个方法的包。我尝试遵循这篇文章和编写 R 扩展中给出的建议

确保目录

通用方法定义

关联方法的定义

创建包骨架

充氧

修补 Rd 文件

有些东西需要打补丁才能允许自动检查和构建过程，不需要任何手动干预，例如手动编辑 Rd 文件等。

检查包裹

构建和安装包

调查帮助文件

替代方式：构建和安装分离

假设与特定 S4 通用函数/方法关联的所有S4 方法共享一个应该具有特定默认值的形式参数。直观地说，我会在 S4泛型的定义中陈述这样一个论点（而不是在每个方法定义中陈述它，这对我来说似乎有些多余）。

但是，我注意到这样我遇到了麻烦，因为似乎形式参数的默认值没有分派给方法，因此引发了错误。

这不是有点反对结合泛型和方法的想法吗？当默认值始终相同时，为什么我必须再次在每个方法中分别声明形式参数？我可以以某种方式显式分派形式参数的默认值吗？

您将在下面找到该行为的简短说明

通用函数

方法

错误

do.both修复它的冗余声明

我目前正在使用参考类编写一个包。我在阅读各种资料时遇到了一个问题：

R 参考类中的方法初始化

无法在 Snowfall 中可靠地使用 RefClass 方法

我认为是因为引用方法并非全部复制到类中的每个对象，而是在第一次访问时被复制。

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2011-June/061261.html

例如定义：

所以 example 是 class 的一个新对象TEST。example$在控制台中键入和制表符给出

因此该方法addone未作为选项提供。但是可以调用：

现在标签再次显示

所以现在addone和field和show作为选项呈现。

Martin Morgan 建议在上述链接之一中强制定义方法。这很好用

所以现在制表符给出：

我的一些课程有超过 30 种方法，所以我想尽可能简洁地做到这一点。我已经定义：

制表符现在给出：

虽然这有效，但感觉有点笨拙。也test$def@refMethods被使用而不是getRefClass("TEST")$def@refMethods这样，感觉有点不对劲。以前有没有人处理过这个问题。

有没有更好的方法来解决问题？如果问题过于冗长，感谢您的任何建议和道歉。

假设我有一个S4类的几个实例，就像在这个例子中一样。

我想返回包含单词的所有类的名称（即名称槽或对象名称）test。如果我只grep在单个插槽上使用它确实可以部分工作：

我最终得到了整个表达式“一些测试”。当然，我可以将所有这些插槽放在一个列表中并应用于它们。但我仍然只是以描述本身结束，而不知道它们属于哪个名称。

那么，我怎样才能找到我想要的实例呢？

你宁愿在一个单独的环境中组织一堆类的实例还是一个实例列表？

可能重复：
R：显示包中 S4 函数的源代码

我下载了一个包 ( GEOquery) 并正在使用其中的一些功能。其中一个叫做Table，据我了解，它能够将S4数据集制成表格。

例如

getAnywhere(Table)节目

我想学习的代码，Table以便我可以知道如何将 GDS 数据集制成表格，data.frame并且as.list不能强制S4上课 - 尽管我可以通过例如，将 GDS 数据集制成表格，

我尝试了getMethods其他帖子中建议的方法，但以下是我得到的

我还尝试通过输入来指定“位置”，package=:GEOquery但显然package是一个未使用的参数。

想知道我做错了什么，以至于看不到Table.

我正在尝试添加一个merge需要 S4 的空间方法（因为它在两个不同对象的类型上调度）。

我尝试使用早期的解决方案，如下所示：

哪个有效：

您将不得不相信我，如果 x 真的是 SPDF 而不是伪造的，那么它不会返回如果您实际运行该代码（或不运行该代码，而只是使用更宽松的通用下面不返回错误）。SPDF 很难创建。

问题是它似乎覆盖了 S3 调度：

我该如何避免呢？我已经尝试从中删除函数定义，setGeneric以便它可以简单地读取setGeneric("merge")，但这也不起作用。我是否需要以某种方式导入mergeS3 泛型base？

一旦我定义了一个类，我就想知道在包中的哪个位置。应该只创建一个classDefintions.R包含我的 S4 类定义的文件并将其放入 R 文件夹吗？如果是这样，我怎样才能正确记录它？周围有.rdS4 类的文件模板吗？

我在 Roxygen2 上找到了这篇文章，但我可能落后了几步。它基本上是如何完成和定位的？

是否可以创建一个 S4 类，其中一个或多个插槽可以属于多个类？例如。假设您遇到数据可以是向量或 data.frame 的情况。

或者，这是需要定义子类/超类的情况吗？

PS：搜索有关 S4 课程的有用教程会产生有限的结果。链接到一个关于 S4 类创建/使用/文档的好教程将不胜感激。