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我想在 R 中创建一个类，我应该使用 S3 还是 S4 类？

我读了很多关于他们的不同的东西，有没有一个比另一个更好？

我正在尝试为一个类定义一个新data方法。foo我的foo对象遵循以下结构：

data我试图创建的方法实际上是访问@data插槽的内容：

我一直在查看编写 R 扩展手册的第 7.1 节，但它只处理 S3 类。我也看过这篇文章，但没有成功：

加载包时：

我有一个类层次结构，其超类fb不应该存在任何对象（我尝试了虚拟类，但遇到了无法从虚拟类初始化对象的问题）。此外，我有两个具有相同插槽的子类 ( foo, )。bar现在我想创建一个新对象，对超类使用初始化方法，该方法根据某个值返回子类之一的对象：

显然（并且可能有充分的理由）R 不允许这样做。有没有办法在方法中实现我想要的，而不是在创建新对象时使用 if-else 构造？

如果给定一个对象x，有没有办法分类它是S3或S4（或“其他”）？我看过is.object()and isS4()，并且可以确定某物是一个对象（或不是），它是一个 S4 对象（或不是）。但是，在我看来，S3 对象并不是所有不是 S4 对象的对象的补充。

因此，如何以编程方式完成这些任务？

这是一个让我烦恼的例子，取自以下帮助is.object()：

这是否意味着这a是一个S3对象？

我试图说服 S4 方法使用表达式作为参数，但总是返回错误。一个简单的例子说明了我在这里尝试做的事情：

如果我现在尝试：

如果我理解正确的话，似乎这些论点已经在泛型中进行了评估。因此，将表达式向下传递给方法似乎至少很棘手。是否有可能使用表达式使用 S4 调度方法？

编辑：更改为转换，因为它是一个更好的例子。

我的问题：

为什么callNextMethod()没有按预期将参数传递给下一个方法？

情况：

假设我有两个分层类foo和bar（bar是 的子类foo），我有一个foobar可以为这两个类分派的方法（即，两个类都有方法）。

此外，（子）类的方法在一些计算之后bar调用方法。foocallNextMethod()

两种方法都有相同的附加参数（默认），应该传递给 for 的方法foo，只有它是相关的。

问题描述：
参数没有按预期传递，但默认值取自方法定义。具体来说，在第一个方法中，参数与调用 ( ) 中指定的一样，但是，它在下一个方法中TRUE更改为。FALSE

给

我希望another.argument将 传递给下一个方法，以便它TRUE也在对该方法的调用中foo。

据我所知?callNextMethod，它应该按预期工作（即，命名参数在调用中传递）：

对于出现在原始调用中的形式参数，比如 x，在下一个方法调用中存在一个对应的参数，等效于 x = x。实际上，这意味着下一个方法看到相同的实际参数，但参数只计算一次。

我的第二个问题：如何将 another.argument 传递给下一个方法。（我真的很想在这两种方法中保留默认参数）

我已经编写了一些R使用 S4 类的函数。

现在我想用R这些函数构建一个包。

我应该如何进行？因为我使用了 S4 课程，我应该做些什么不同的事情吗？

我在 SO 和其他地方看到了一些关于在 Roxygen2 的未来版本中应该或将如何完成的讨论。但是，我被困住了。我应该如何使用 Roxygen2 记录 S4 泛型及其方法？全新泛型/方法的工作示例以及扩展基本 S4 泛型的示例将非常有用。我不想为相同泛型的每个 S4 方法制作单独的（大部分）冗余文档。

尽职调查：我找到了“提取”方法的一个有用示例。但是，对于我的问题，它似乎已经过时且不完整。它在类文档中使用 @slot 标记，该标记不再（不再？）支持。它仅显示核心 S4 方法“[”的扩展，而不是包含 S4 泛型文档的完整 Roxygen 示例。

如何使用 roxygen 正确记录 S4“[”和“[<-”方法？

如果我用 title、description 完整记录一个新的 S4 泛型，@param @return @name @aliases @docType @rdname然后只用相应的 记录 S4 方法@name @aliases @docType @rdname，我会收到以下R CMD check警告：

乍一看，好像我用 roxygen2 以这种方式记录的 S4 方法都没有真正起作用。然而，到目前为止，我注意到我对核心方法“show”的扩展没有相关的错误，即使它们的记录方式与其他方法完全相同。这是我在其中一种显示方法上方包含的完整 roxygen 文档的示例，它没有生成缺少文档的错误：

因此，我不知所措。如您所见，我已经包含了R 包手册的 S4 文档部分中描述的 S4 方法的别名约定，即方法应该有一个具有以下名称的别名（不含空格）：

不知何故，这并没有被完全理解R CMD check。

最后，在使用以下命令构建文档后：

并构建包，我得到了功能文档。特定方法文档中的任何标题都会出现在“描述”字段中，相当尴尬。所以 roxygen2 显然对每个方法的文档做了一些事情，并且走上了正确的轨道。然而，仅仅避免一个大而令人不安的警告是不够的

我查看了 Rd 文件，但我对它们的了解更少，无法快速了解问题所在，而且我无论如何都想知道 roxygen2 解决方案，这样我就不必在每次文档修订后直接操作 Rd 文件。

所以这是一个多部分的问题：

1. roxygen2 的 S4 通用和 S4 方法文档的当前推荐方法是什么？

2. 是否有一个很好的例子可以显示完整的细节？

3. 大多数 S4 方法的文档丢失的警告可能是什么原因和解决方案（即使具有“缺少”文档的方法实际上已经由 roxygen2 解析了它们的文档，并且生成的 Rd 文件至少足以工作在包后R CMD build mypkgname）？

对于使用 roxygen(2) 记录类，指定标题和描述/细节似乎与函数、方法、数据等相同。但是，插槽和继承是它们自己的一种动物。在 roxygen2 中记录 S4 类的最佳实践是什么（当前的或计划的）？

尽职调查：

我发现@slot在 roxygen 的早期描述中提到了一个标签。 一个 2008 R-forge 邮件列表帖子 似乎表明这已经死了，并且@slot在 roxygen 中不支持：

roxygen2 是这样吗？前面提到的帖子建议用户应该使用 LaTeX 标记制作自己的逐项列表。例如，扩展该类的新 S4 类"character"将被编码和记录如下：

然而，尽管这可行，但这种记录插槽\describe的\item方法似乎与 roxygen(2) 的其余部分不一致，因为没有- 分隔的@标签，并且插槽可能会在roxygenize(). 它也没有说明记录正在定义的类的继承的一致方式。@import我想依赖通常仍然可以使用标签正常工作（如果特定插槽需要来自另一个包的非基类） 。

那么，总而言之，roxygen(2) 插槽的当前最佳实践是什么？

目前似乎有三个选项需要考虑：

• A -- 分项清单（如上例）。
• B - @slot...但我错过了额外的标签/实现。我无法让@slot 与 roxygen / roxygen2 在上面示例中作为逐项列表的替代品的版本中使用。同样，上面的示例确实适用于 roxygen(2)。
• C - 一些用于指定插槽的替代标签，例如@param，可以完成同样的事情。

我正在从我在githubroxygen2上的开发页面上发表的帖子中借用/扩展这个问题。

我是 R 的新手。

我正在尝试定义一个类似于树节点的类，即它有一个左节点和右节点，它们应该与父节点属于同一类。所以我定义类如下：

我想通过设置原型将 Node 的默认值设置为 NULL，但 R 表示如下：

但是如果我没有将默认值指定为 NULL，那么默认值将是深度为 4 的递归节点，我认为这会浪费资源。

我的考虑是不必要的还是有更好的方法呢？