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由于我经常遇到需要 S4 编程来保持概览的情况，因此我收集了很多关于 S4 对象、方法和编程的资源。我在这里列出了它们作为参考。请添加您自己的来源。

在网上

• methods帮助文件：来自包方法的帮助文件，其中可以找到许多必要的信息
• S4 类 15 页：关于 S4 对象编程的简短介绍。
• S4 方法如何工作：关于底层机制的更多解释。
• 对 S4 的介绍并不那么简短：带有如何构造类的实际示例和一些有用的技巧。它包含一个方便的概述作为附录，但也包含错误。应该小心使用这个。
• R中的OOP：带有S3和S4实际示例的讲义
• S4 对象：Thomas Lumley 关于 S4 对象的介绍。
• R 面向对象编程：深入介绍 R 中的面向对象编程。它涵盖了 S3、S4 和 S4 参考类。随附的序列包实现了整个幻灯片中使用的类系统。

图书

• Software for Data Analysis-Programming with R (J. Chambers) ：一个经典的，虽然没有在所有地方都得到正面评价，但它包含 S4 的大部分内容
• 用于生物信息学的 R 编程（R. Gentleman）：专门针对与完全基于 S4 的 Bioconductor 合作。但它提供了一个广泛的概述，并且对许多其他人也很有用。

PS：如果有人找到社区复选框，您可以将其设为社区拥有的帖子。不知何故，我再也无法在编辑窗口中找到它了...

从 S4 类定义识别的旧包中获取类时，我遇到了一些麻烦。我不断收到错误

一个可重现的例子：

尝试class(chron(0))时，答案是"dates" "times"。使用is.numeric(chron(0))，答案是TRUE。然而，当我将插槽日期类设置为 时"numeric"，我得到同样的错误，但没有警告消息。

我觉得我忽略了一些明显的东西，但我还没有在文档中找到它。任何人任何指针？

PS：我知道这个chron包至少很奇特，但我有充分的理由使用它。另外，其他软件包可能会出现此问题。将此视为一般问题的示例。所以请不要告诉我使用 Date 或 POSIXt 类。这是我现在正在使用的 hack。

有没有办法定义当方法的参数丢失或 NULL时会发生什么？

在下面的示例中，无论我键入foo()还是，我都想调用相同的函数foo(NULL)。当然，我知道我可以有一个方法setMethod("foo","NULL",function(x) foo()) ，但那是代码复制和可能的错误来源。

谢谢！

有谁知道R中的插槽是什么？

我没有找到它的含义的解释。我得到一个递归定义：“插槽函数返回或设置有关对象的各个插槽的信息”

帮助将不胜感激，谢谢 - Alley

这是上一篇文章的后续问题。

我需要为一个需要一个矩阵和一个值initialize()的 S4 类（名为 ）编写一个方法。它应该被定义为一个带有正式参数的函数，并且应该将下三角元素放入对象中。Bandk(x, k)X

任何建议表示赞赏。

我是这里的新手。我正在尝试使用 S4 类。在我的一些设置方法中，我想取一个输入值并测试它是否有效。如果它是有效的，我想分配它。如果它无效，我想生成一个可以测试的警告。这是一个简单的例子：

当我尝试分配一个字符时，这会生成一条警告消息：

但我希望能够测试分配失败。这样做的好方法是什么？谢谢。

哪些 R 包充分利用了 S4 类？我正在寻找适当使用 S4 的软件包（即当底层问题的复杂性需要时），编写良好且文档齐全（因此您可以阅读代码并了解正在发生的事情）。

我很感兴趣，因为我很快就会教 S4，我想向学生指出实践中的好例子，这样他们就可以阅读代码来帮助他们学习。

我需要编写一种同时更新对象并返回值的方法。我想知道是否有办法在 S4 课程中做到这一点。这样做的背景是我正在尝试编写一个 S4 类来生成一个列表，只有在知道私钥的情况下才能访问其中的每个元素。为此，我需要一个方法 getNewSlot 来同时更新列表和键列表的长度并返回索引键对。代码如下：

这是此方法的输出。如您所见，代码返回所需的“索引、键”对，但不更新对象。

我使用 R 中的 topGO 包来分析基因富集，代码如下：

我想查看和更改RunTest功能以及更改的GenTable功能ResultTable，但我不知道如何显示功能。有了getAnywhere("GenTable")我没有得到我想要的硬代码。

找到与“GenTable”匹配的单个对象

在以下地方发现

有价值

我怎样才能做到这一点？