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我使用 R 中的 topGO 包来分析基因富集，代码如下： 

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

我想查看和更改RunTest功能以及更改的GenTable功能ResultTable，但我不知道如何显示功能。有了getAnywhere("GenTable")我没有得到我想要的硬代码。

getAnywhere("GenTable")

找到与“GenTable”匹配的单个对象

在以下地方发现

package:topGO

namespace:topGO

有价值

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

我怎样才能做到这一点？

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2 回答 2

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使用getMethod()并指定签名。在您的情况下，这可能是例如：

getMethod("GenTable","topGOdata")

显示 topGOdata 对象的 GenTable 方法。在这种情况下，只有一个为 topGOdata 对象定义的方法。如果有不同签名的方法，showMethods()会告诉你哪些方法。在你的情况下：

showMethods("GenTable")
# Function: GenTable (package topGO)
# object="topGOdata"

您可以通过在getMethod()函数中指定它来获取所需签名的代码。

于 2011-05-09T14:23:35.690 回答
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我知道这是一个老问题，但为了将来搜索者的完整性，还有一个名为

selectMethod

这与 getMethod 不同，因为您可以使用继承。这就是我如何找到具有多个签名的通用函数的来源。

于 2012-04-06T14:26:02.410 回答