问题标签 [rpy2]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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rpy2 - RPy2 将 Dataframe 转换为 SpatialGridDataFrame

如何使用 R maptools 库将 Dataframe 转换为 SpatialGridDataFrame?我是 Rpy2 的新手,所以这可能是一个非常基本的问题。

R代码是:坐标(dataf)=~X+Y

在 Python 中:

除了这个特殊的问题,我很高兴能得到一些关于更一般性想法的反馈:我的最终目标是使用 gstat 库对空间数据进行回归克里金法。R 脚本工作正常,但我想从 Python/Arcgis 调用我的脚本。您如何看待这项任务,这可以通过 rpy2 实现吗?

非常感谢!理查德

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python - 从 Numpy 矩阵创建 R 矩阵

我将如何使用 rpy2 从 numpy 矩阵创建 R 矩阵?我已经尝试过robjects.r.matrix([the numpy matrix]),但它不适用于 np 矩阵(或数组)。

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r - 在 ubuntu 上构建 R (cran) + rpy2 -> libRblas.so 未找到

我正在尝试在 ubuntu(11.04,natty narwhal)上构建 R(尝试 2.14.2 和 2.15)和 rpy2(2.2.6,python 2.7.1),以将其部署到自定义目录(以下称为 /home/ me/lib/R),因为我没有 root 访问权限,但需要比服务器上可用的更新版本。

构建等的详细信息进一步下降,但即使在运行 rpy2 的测试时,我总是会收到以下错误:

我确定我正在调用正确的 rpy2 模块(我的定制模块),该模块是针对定制构建的 R 版本构建的。为此,我正在执行以下操作:

  1. 我首先在 ubuntu 上构建 R-base

    /li>
  2. 然后我针对这个 R 构建构建 rpy2

    我还调整了我的 pythonpath 以在 /home/me/lib/pythonlib 中查找模块,所以问题不存在。python构建返回正确的配置(注意Rblas出现在这里!)

    /li>

我试图追查错误,但没有结束。/home/me/lib/R/lib64/R/lib 包含 libRblas.so,但是有一件事情看起来很奇怪,那就是 libRblas.so 没有与 libR.so 正确链接,但我不确定是否这会导致错误,我也不知道如何修复它。

任何帮助将不胜感激!

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python - 使用rpy2时glm计算慢

我想使用 R 的 glm 包计算逻辑回归参数。我正在使用 python 并为此使用 rpy2。出于某种原因,当我使用 RI 运行 glm 函数时,得到的结果比使用 rpy2 快得多。你知道为什么使用 rpy2 的计算要慢得多吗?我正在使用 R - V2.13.1 和 rpy2 - V2.0.8 这是我正在使用的代码:

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python - rpy2中的fitdistr

我有一个一维数据列表,我想使用最小二乘或最大似然来拟合分布,如此所示,但我想从 python 而不是 R 交互式 shell 中进行。

我安装了rpy2,并希望fitdistr在交互式ipythonshell 中使用该功能,因为我已将数据导入列表中。

这个功能在哪里,我该如何使用它?

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python - 在 Windows7 64bit 上为 Python 2.7 安装 rpy2

我正在尝试构建和安装 rpy2 Python 模块。但出现错误(见下文)。

我已经安装了 RC:\Program Files\R\R-2.15.0\并且R.hC:\Program Files\R\R-2.15.0\include. 如何告诉 setup.py 在该目录中找到 R 标头?

Python 和 R 都是使用 Windows 64 位的官方二进制文件安装的。

有人可以为 Windows 64 位和 Python2.7 64 位贡献一个 rpy2 二进制构建吗?Christoph Gohlke 说出于法律或技术原因,rpy2 未包含在他的非官方 Windows 二进制文件中用于 Python 扩展包。其他人有成功的打击吗?

谢谢!

给定以下过程:

将此配置用于 R 作为库:

使用以下命令构建“rpy2.rinterface._rinterface”扩展:

给出这个错误:

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python - 在rpy2中打印摘要时如何摆脱代码

我写这段代码是为了得到 Dunnet anova post hoc test

工作正常,但在分析后形成输出我得到源代码,我怎样才能摆脱该代码并仅从 Dunnet 分析中获得最终表。

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python - rpy2 在 debian 上的安装问题

我已经尝试了所有我能想到的在我们的 debian 服务器上安装 RPy2 的安装方法,但无论如何我都会收到相同的消息。我已经在我的 Mac 上成功安装并使用了它。有什么我可能会丢失的吗?

开始

'

. . .

结尾

感谢您的帮助

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python - 使用 Python 和 R 创建在线预测工具的有用软件包(提供示例)

我正在建立一个 Cox PH 统计模型来预测乳腺癌患者的复发概率。我想为患者或医生创建一个在线界面,让他们可以输入相关的患者特征,并计算复发的概率。这是一个完美的例子,尽管是针对前列腺癌: http: //nomograms.mskcc.org/Prostate/PostRadicalProstatectomy.aspx

我的基本计划是使用 python 创建工具,并根据用户的输入和我之前安装的 Cox PH 模型使用 R 计算概率。该工具需要下拉框和用户输入的数值。问题是我从来没有用 Python 做过任何网络编程或 GUI 编程。我的经验是 Python 的科学编程方面(例如 Pylab 等)。我的问题是:

  1. 我需要哪些与 Python 和 R 相关的软件包?从我所做的一些谷歌搜索来看,RPy 和 Tkinter 似乎是明确的选择。
  2. 我如何存储统计模型,这样工具就不必在每次有人使用它时都从我的数据集中计算模型?对于 Cox PH 模型,这将需要存储基线危害和模型公式。
  3. 您的经验中有什么有用的提示吗?

我真的很感谢你的帮助!

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python - 关键字错误:使用 rpy2 在 geoR 中调用 as.geodata 函数

我正在SyntaxError: keyword can't be an expression编写我正在编写的脚本。

我在 Python 中使用rpy2(和 R 包geoR)来处理使用 R 的数据库函数从 PostgreSQL 数据库中检索的数据表。数据是具有坐标和 2 列数值数据的空间数据,将在地统计模型中使用。

数据库查询调用后,数据框对象 x 如下所示:

我为 geoR 函数创建一个对象,如下所示:

从 rpy2.robjects.packages 导入 importr geo = importr('geoR')

调用 geoR 函数为

有效,但没有参数 data.col,它将位置属性分配为数据属性。(坐标属性后的第一列是默认值。)

试:

产生:

我似乎无法绕过它。我在这里查看了一些帖子并在网上四处查看,但我无法弄清楚这一点。