问题标签 [rpy2]

我正在尝试从下载的源存档“rpy2-2.2.1.tar.gz”安装 rpy2。我一直按照 rpy2文档中提供的安装说明进行操作。这就是我正在做的事情：

这是尝试终端的输出：

在字符串中

我在 Ubuntu 1104 上使用 rpy2。我正在关注COX文件。文件中给出的步骤在 R 中。我必须使用 rpy2 在 python 中执行相同的步骤。我没有得到任何关于 rpy2 的教程。我设法写了以下内容，

但我收到以下错误，

我错过了什么吗？我在 R 方面没有经验。我不确定函数 coxph 中的 if 数据是否必须采用数据框格式。任何帮助表示赞赏。

这是指向Rossi.txt的链接

我正在使用 rpy2-2.2.2 和新的免费 Enthought python 发行版，其中包括 numpy 1.6.0 和 python 2.7.2。我 easy_installed rpy2 导致 v. 2.2.2 被安装并且所有测试都成功。

我遇到的问题是我编写的代码在 rpy2 2.1.8 和 python 2.6 上运行良好。问题在于将数组从 numpy 转换为 R。

以下是相关代码的片段：

我很乐意承认这不是最优雅的做事方式，但它在我需要提供结果之前和现在都有效（！）。我得到的错误如下：

我在这里找到了讨论并得到了 numpy 数组现在自动转换为 R 数组的印象，但是注释掉rob.conversion.py2ri(HG_reg)语句并直接使用 numpy 数组似乎也失败了。我错过了一些明显的东西吗？为什么会在 2.1.8 和 2.2.2 之间中断？

我正在尝试使用 pip 安装 rpy2：

退出并出现错误：

我也尝试使用 macports 安装 rpy2，但是安装完成但 rpy2 不会导入。我已经安装了 XCode，版本 4.0.2 Build 4A2002a，并且安装了 gcc。

返回：

和

返回：

似乎它正在寻找旧版本的 gcc，我不知道如何将它指向正确的位置。任何帮助将不胜感激。

我已经尝试从源（python setup.py install）和macports安装（成功终止）rpy2，并且在尝试导入rpy2时，我收到了这个错误：

我似乎无法弄清楚这一点，有什么想法吗？

谢谢！

我正在由 pbs_torque 管理的集群中使用 rpy2 运行一个简单的 Python 程序。我的问题是同一段代码运行良好，而其他时间在没有逻辑原因或错误跟踪的情况下被杀死。在程序执行期间的随机点，执行结束。我得到的唯一输出错误是：

kill: 20: 没有这个进程

我不需要提及，我没有打印该消息。一些输出错误文件甚至多次包含此消息。我已经进行了一些搜索，但没有找到任何相关的帮助。集群的所有节点都具有相同的配置，并且应该每个核心运行一个程序实例。

欢迎提出建议。

谢谢

我对 R 和 rpy2 都是新手。我正在尝试移植以下示例

到rpy2。

到目前为止我有

我认为结果应该是res. res但是，当我使用打印时，print(res.r_repr())我得到一个我无法评估的表达式。将不胜感激任何帮助。

我在 Windows 上使用 rpy2 V2.0.8。我正在使用 rpy2 进行分类，并希望保存（腌制）模型（例如 glm 的输出）。但是，据我所知，V2.0.8 不支持酸洗 rpy2 对象（这是 Windows 的最新版本）。你有什么建议我如何腌制/将分类输出保存在文件中？谢谢！

我在 Windows XP 上使用 rpy2-2.0.8、R-2.11.1、Python-2.6.2。

当我运行这个脚本时，输出图像充满了文本消息。我想这个消息是 clusplot 的函数定义。

[测试.py]

[测试.csv]

但我使用 R 控制台（不是 rpy2），没有文本重叠问题。

有人帮助我吗？

我正在尝试研究如何使用 Rpy2 在 Bioconductor 中进行经典的基因表达示例，但我一开始就被困住了。你如何加载数据？在 R 中，我们这样做：

在 Python 中，我们这样做：

如何做 Python 等价于：

我没有看到在扩展的文档中加载包数据的示例。我认为可能是这样，但似乎数据不属于正确的类别，因为它signature "character"在输入时具有featureNames：

更新：我想我现在有了：