问题标签 [rpy2]

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python - 使用 rpy2 从回归中获取标准错误

我正在使用 rpy2 进行回归。返回的对象有一个列表,其中包括系数、残差、拟合值、拟合模型的等级等)

但是我在 fit 对象中找不到标准错误(也不是 R^2)。在 R 中直接运行 lm 模型,使用 summary 命令显示标准错误,但我无法直接在模型的数据框中访问它们。

如何使用 rpy2 提取此信息?

示例python代码是

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r - 为什么我的绘图的 x 轴从 5 而不是向量的最低点开始?

我正在尝试使用 R 制作向量的直方图。当我绘制它时,x 轴从 5 变为 9,但直方图的一部分在 5 之前(最低数字是 4.414002),一部分在 9 之后。我的 y 轴也是如此,它从 0 到 5000,但最高的“五线谱”略高于这个 5000。

为什么它不是从向量中的最低值开始?请注意,只是条形不够长,图表大小合适(因此 mar 或 oma 设置没有问题,我尝试更改这些设置,但没有帮助)

下面是我的代码


编辑:

我发现了问题所在,在 R 代码中它看起来像这样:

但是因为范围在 4-9 之间(嗯,在这个例子中更少),所以有 20 次休息太多了。将休息时间设置为 6 可以解决问题。

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r - 如何使用 !duplicate 与 rpy2?

我想做这个 R 脚本的等价物:

在rpy2中。但是,如果我将 rpy2.robjects 导入为 R,它不会识别 Rr['!duplicated'] (像这样):

如何使用!在 rpy2 中复制?


编辑:

确实有效,所以我正在寻找如何制作!在 rpy2 中工作

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django - 在 django 应用程序中使用 rpy 会引发 RPy_Exception: R Function "get" not found

这是回溯(复制粘贴):

有什么线索吗?

编辑:这是代码

不要误会我的意思,这是错误所在的行。我尝试了一个单独的 python 提示并且import rpy没有失败。只有在网站上它失败了。为什么?

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django - 使用 wsgi 在 httpd 上找不到 Rpy2 'show'

在开发服务器上一切正常。但是,当我将项目移动到运行 httpd 和 wsgi 的生产服务器时,显示以下错误。

知道发生了什么吗?谢谢。

更新 跟踪到 Apache 错误日志,发现类似“字节码不匹配”的内容。谷歌发现它与R有关。所以重新编译R解决了这个问题。

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matrix - 如何在 rpy2 中获取索引向量,或者如果不存在,如何选择两列?

我想做与此处的 R 示例相同的事情:http ://www.r-tutor.com/r-introduction/data-frame/data-frame-column-slice 。他使用 mtcars 数据集,如下所示:

然后选择带有索引向量的 mpg 和 hp 列

在 rpy2 中检索一行很简单,在这种情况下获取 mpg:

但是,我不知道如何选择两列

就像 R.vectors 中的所有其他向量一样(我都试过了)

所以我的问题归结为,如何在 rpy2 中获取索引向量,或者如果不存在,我如何选择两列?

谢谢!

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python - 使用带有 rpy2 的屏蔽 numpy 数组

我是 rpy2 和 numpy 的新用户。我在 RHEL5 上使用 R 2.14.1、python 2.7.1、rpy2 2.2.5、numpy 1.5.1。

我需要将数据读入一个 numpy 数组并在其上使用 rpy2 函数。但是,在将数组与 rpy2 一起使用之前,我需要屏蔽缺失值。

我对屏蔽值没有问题,但我无法让 rpy2 处理生成的屏蔽数组。看起来 numpy2ri 转换可能不适用于屏蔽的 numpy 数组?(见下面的错误)

我怎样才能使这项工作?是否可以告诉 rpy2 忽略掩码值?我想坚持使用 R 而不是直接使用 scipy/numpy,因为我稍后会做更高级的统计。

谢谢。

更新:由于 rpy2 无法处理屏蔽的 numpy 数组,我尝试将我的 -99 值转换为 numpy NaN 值。显然 rpy2 将 numpy NaN 值识别为 R 风格的 NA 值。

下面的代码有效,因为在 r.sd() 调用中我可以告诉 rpy2 不要使用 NA 值。但是最初的 NaN 替换肯定比应用 numpy 掩码要慢。

你们中的任何一个 python 向导都可以给我一种更快的方法来跨大型 numpy ndarray 执行 -99 到 NaN 替换吗?或者也许建议另一种方法?

谢谢。

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r - 如何使用 rpy2 更改数据框的列名

我想做这个R代码的等价物:

当我做

我收到此错误:

我试过了

两者都没有给出我想要的结果。那么如何使用 colnames 更改数据框的列名?

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python - 在 rpy2 中忽略 prcomp() 的 NA 值?

最后三个 prcomp() 调用给了我这个错误:

我用谷歌搜索了一堆,无法弄清楚如何正确使用 na.action (或其他方式)通过 rpy2 处理 prcomp() 中的 NA 值。我希望这只是一个语法问题。

谢谢你的帮助。

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python - Rpy2 & ggplot2: LookupError 'print.ggplot'

不受任何预先存在的 R、Rpy2 和 ggplot2 知识的阻碍,我永远不会更喜欢从 Python 创建一个简单表的散点图。

要进行此设置,我刚刚安装了:

  • Ubuntu 11.10 64 位
  • R version 2.14.2(来自 r-cran 镜子)
  • ggplot2(通过R> install.packages('ggplot2')
  • rpy2-2.2.5(通过easy_install

在此之后,我可以使用 ggplot2 从交互式 R 会话中绘制一些示例数据帧。

但是,当我只是尝试ggplot2按照我在网上找到的示例中看到的那样导入时,我收到以下错误:

谁能告诉我我做错了什么?正如我所说,有问题的导入来自一个在线示例,所以很可能还有其他方式我应该通过 rpy2 使用 gplot2。


作为参考,与上述问题无关,这是我想绘制的数据框示例,一旦我让导入工作(查看示例应该不是问题)。这个想法是创建一个散点图,其中 x 轴上的长度、Y 轴上的百分比和布尔值用于为点着色,然后我想将其保存到文件(图像或 pdf)。鉴于这些要求非常有限,因此也欢迎替代解决方案。