问题标签 [rdkit]

我正在尝试在 Ubuntu 16.04.6 LTS 虚拟机上安装 RDKit。

阅读安装指南，我使用了以下命令：

但我收到了消息

检查CMakeError.log文件，我看到：

我应该怎么做才能在 python3 上正确安装 RDKit？我不在此 VM 上使用 conda。

我正在尝试在 python 中访问“rdkit”模块，但我的 python 安装似乎没有找到该模块。我按照这里的建议使用 brew 安装了它。我包括了我用来重现问题的命令。

只是将“/usr/local/Cellar”添加到 python 路径中是一个简单的修复吗？Symlinc 站点包到地窖？坦率地说，我在更新我的 python 时并没有理解 pip 和 brew 之间的区别，所以我的第一个想法是 python 路径不正确。任何建议都非常感谢。

详细信息：OS Catalina：10.15.3

我制作了一个模型来根据分子的摩根指纹预测分子的溶解度，现在我发现了该模型很难预测的特定指纹位。我想看看指纹的每一位与分子结构的相关性，感谢用户rapelpy，我找到了DrawMorganBits，但在这里我需要分子的mol（或Smiles），我只有一个非-特异性分子。

是否可以从指纹中获取 mol 或 smiles 代码，或者我可以通过其他方式仅用指纹绘制结构吗？

提前致谢。

我希望能够以“.mae”格式提取有关分子的详细信息。我导入了 rdkit.Chem.rdmolfiles 函数，它似乎适用于 MolFromSmiles，但不适用于 2019 文档中建议的 MaeMolSupplier。相反，我得到一个 NameError。任何调用此函数的帮助/帮助将不胜感激。

与 MolFromSmiles 一起工作正常

现在显示错误

我有一个 python 脚本，在 1 个 CPU 上需要大约 93 天才能完成，或者在 64 个 CPU 上需要 1.5 天。

我有一个大文件（FOO.sdf），想从 FOO.sdf 中提取与模式匹配的“条目”。“条目”是由“$$$$”分隔的约 150 行的块。所需的输出是约 150 行的 600K 块。我现在拥有的这个脚本如下所示。有没有办法使用多处理或线程来跨多个内核/cpus/线程分配这个任务？我可以访问具有 64 个内核的服务器。

更新 1：PIL 和 RDKIT 产生导入错误，因为 .dll 文件没有放在 /venv//Lib/site-packages

我从环境中删除了这两个包，并从我的项目中注释掉了它们的代码。

接下来我更新了基础基础环境：

然后我升级了 pip 和 setuptools 并重新安装了枕头：

我现在可以将我的 PIL 内容添加回项目，它可以在生产服务器上正常工作，而无需安装 rdkit。

RDKIT 仅作为 conda install 提供，它仍然无法正确安装并在过程中破坏 PIL（rdkit 取决于枕头）。我已经从 rdkit 和 conda-forge 频道重新安装了。都不工作。

解决此问题的正确方法是什么？我觉得移动 .dll 文件是有风险的，不是一个好的解决方案。

更新 0：RDKIT 不会加载到任何服务器中

我创建了一个基本的 django 项目，类似于您在教程中找到的没有静态文件的项目。该项目已成功发布到 Apache 服务器，在原始帖子和 Windows 10 IIS 中描述如下。接下来修改 models.py 以导入 rdkit，两台服务器都给出了导入错误，并且站点不会显示。

原帖：

RDKIT 是唯一没有加载到我们的生产服务器中的包。

我们成功设置了一个 Wampserver 来运行 Apache 并托管我们的 Django 项目。. .但是必须注释掉与rdkit相关的所有代码才能工作。这抑制了许多必需的功能。

在 Django 的测试服务器中使用 rdkit 没有问题。

主要 wsgi 错误：

ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。\r, referer: http://localhost/APP/

相关包和版本详情：

视窗 10

姜戈 2.2

蟒蛇 3.7

康达 4.8.2

rdkit 2019.09.3 conda-forge

Wampserver 3.2

阿帕奇 2.4.41

模组-wsgi 4.7.1

PostgreSQL 10

本博客中的方法描述了我们如何设置生产服务器。通过一个小的改动，我们没有改变 httpd_vhosts.conf 文件，只设置了标准的 localhost。

通过尝试将 rdkit（或其方法之一）导入到在所描述的环境中托管 Web 应用程序所需的任何文件中，可以重现该错误。

我们在 rdkit sourceforge 上找到了这个 2016 线程，听起来其他人在 Linux 系统上遇到了类似的问题。这是我们第一次设置服务器，我们还没有成功地将推荐的修复从 linux 转换为 windows。没有后续行动知道该建议是否被尝试过，更不用说成功了。

这些 2012 年的幻灯片让我们相信有人试图克服 linux 中的类似问题（幻灯片 9）

需要如何更改包才能将其加载到网络服务器中？

谢谢，我们非常感谢您的时间和帮助。

我目前正在开发一个 Django 项目，该项目需要获取 InChI 字符串并将其转换为分子的功能，但我正在使用的包似乎与其功能有问题MolFromInchi。每当我尝试使用这个函数时，python 往往会生成这个回溯：

前任。

这个错误似乎来自rdkit包的源代码，但我想知道是否有什么我可以做的来规避或缓解这个问题，同时仍然能够将功能合并MolFromInchi到我的项目中。

注意：按照RDKit 文档上发布的如何使用 Conda 安装 RDKit 的说明后，我能够重现此错误，并且此问题与 RDKit 的最新版本（2020.03.1）有关。

我正在尝试使用rdkitPython 中的包确定任何分子中的链烷烃基团的数量。最初我开始确定石蜡 CH3 基团，我必须将其扩展到石蜡 CH2 和石蜡 CH 基团。

在MWE中，我试图通过匹配的子结构来确定这一点，但它不能按预期工作。我也尝试为此搜索Fragments功能，但它不可用。

如何确定rdkitPython 中任何分子的链烷烃 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

MWE

问题示例

对于下面给出的分子（2,2,4,5,5-五甲基庚烷）：

代码应该给我以下输出：

• 不。CH3 组数：7
• 不。CH2 组数：2
• 不。CH 组数：1

我的 Ubuntu 18.04 系统上有 Python2.7、Python3.6 和 Python3.7。我想rdkit在 Python3.6 中使用apt-get install.

执行此操作的命令是：

sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

1. 我怎么知道这是安装在哪个 python 版本中？（没有打开我所有的蟒蛇并检查）

2. 如何控制安装在哪个版本中？

对于似乎无法通过pip.

我已经成功实施了推荐引擎，但是如果我将任何不相关的值仍然给出输出，则必须显示“您输入了错误的值”

这是输出 正确的微笑输出

如果我输入了错误的微笑或任何不属于训练数据集的内容，那么必须给它一个消息，请输入正确的微笑。

错误的输出

我输入了任何随机文本，所以如果我输入错误的微笑，结果一定是

结果：“请输入正确的微笑”

我正在输入我的代码，我尝试如果其他但不工作。

请帮助我正确的逻辑这里目标变量是微笑和反应物变量是建议。