我正在尝试为 RDKit 构建 C# 包装器，但一直在努力取得进展。我尝试了两条路线：

注意这个问题很长而且没有帮助。长话短说使用 NuGet（请参阅下面的答案）。

尝试一

来自 RDKit /Code/JavaWrappers/csharp_wrapper 的文档

第一个位于https://github.com/rdkit/rdkit。

./Code/JavaWrappers/csharp_wrapper 中有带有构建指令的 C# 包装器，位于：https ://github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Code/JavaWrappers/csharp_wrapper

我第一次尝试编译包装器涉及手动构建这些包装器。按照这个自述文件：https ://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Code/JavaWrappers/csharp_wrapper/README

在 Windows 上构建：

由于 cmake 对 C# 一无所知，因此其中涉及到一个不幸的手动步骤。

• 确保将 cmake 配置变量 RDK_BUILD_SWIG_CSHARP_WRAPPER 设置为 ON。
• 运行 cmake 生成解决方案文件并在 Visual Studio 中打开它。
• 选择添加现有项目的选项并添加 $RDBASE/Code/JavaWrappers/csharp_wrapper/RDKit2DotNet.csproj
• 右键单击添加的项目（名为 RDKit2DotNet）并添加对 RDKFuncs 的依赖项（这是创建 C# 项目所需的 C++ dll 的项目）
• 构建 RDKit2DotNet 项目。

您的 bin 目录（$RDBASE/Code/JavaWrappers/csharp_wrapper/bin/Release，如果您进行了发布构建）现在包含两个 DLL： - RDKFuncs.dll 是包含 RDKit 功能的 C++ dll - RDKit2DotNet.dll 包含 C# 包装器。要在您自己的项目中使用包装器，您应该将两个 dll 复制到您的项目目录中并添加对 RDKit2DotNet.dll 的引用

目录 RDKitCSharpTest 包含一个示例测试项目和一些非常基本地使用包装器功能的代码。

为了cmake运行，我更新了 CMakeLists.txt 以告诉它如何找到 swig 并进行RDK_BUILD_SWIG_CSHARP_WRAPPER ON如下设置：

这会创建很多新文件和一个.sln名为GraphMolCSharp.sln. 然后我就可以按照自述文件中的其余步骤进行操作了。我打开GraphMolCSharp.sln并添加RDKit2DotNet.csproj为项目并添加RDKfuncs为构建依赖项。但是构建它在 Visual Studio 中产生了很多错误，首先是：

然后很多Unable to find x错误。

如果有人可以就我可能做错的任何事情提供一些指导，请告诉我。

尝试二

第二个使用在build.bat这里找到的：https ://github.com/bp-kelley/rdkit-csharp

首先我运行：

然后我更新了build.bat使用Visual Studio 16 2019如下。

第 95 行：cmake -G "Visual Studio 16 2019" -A x64 ...

和

第 111 行：cmake -G "Visual Studio 16 2019" ...

如果有人能够提供帮助调试下面的输出，我将不胜感激。

我不得不取消以下行：

但是已经复制nuget.exe到预期的位置。

这是运行的大部分输出build.bat

我正在尝试将化合物从 mol 转换为邻接矩阵。但是，我遇到了一个问题，即 rdkit.Chem.rdmolops.GetAdjacencyMatrix() 不提供邻接矩阵的原子索引。有没有办法在 rdkit 中包含邻接矩阵的索引数据？

rdkit.Chem.rdmolops.GetAdjacencyMatrix((Mol)mol)

我必须使用 rdkit 转换指纹列表中的微笑列表。但我不知道怎么做。我在互联网上搜索了解决方案，但实际上没有示例工作......有没有人有将微笑列表从分子转换为指纹的经验？

谢谢！

我试图在列上迭代我的函数，但它不能正常工作。你们能告诉我我必须在哪里更正我的代码吗？

那是我的代码

我希望每个 SmilesCode 都有一个位串，但我只会得到每一行/SmilesCode 的错误。定义的函数确实可以工作，但如果我用它来迭代我想要的列，那就不行了！如果我使用 pandas 的 apply() 函数：

我得到这个错误代码：

ArgumentError：rdkit.Chem.rdmolops.RDKFingerprint(NoneType, int, int, int, int, int, float, int) 中的 Python 参数类型与 C++ 签名不匹配：RDKFingerprint(RDKit::ROMol mol, unsigned int minPath=1, unsigned int maxPath=7, unsigned int fpSize=2048, unsigned int nBitsPerHash=2, bool useHs=True, double tgtDensity=0.0, unsigned int minSize=128, bool branchedPaths=True, bool useBondOrder=True, boost::python:: api::object atomInvariants=0, boost::python::api::object fromAtoms=0, boost::python::api::object atomBits=None, boost::python::api::object bitInfo=None)

我有一个编码为 2048 位向量的 2215 个分子的列表。我想做的是从中创建二维数组。我正在使用rdkit 库转换为 numpy 数组。几周前代码运行没有问题，现在出现内存错误，但我不知道为什么。任何人都可以提供解决方案吗？

我试图使列表更小，并将其减少到两个向量。我认为这会有所帮助，但经过一段时间的处理后仍然会出现错误。这使我相信我实际上确实有足够的记忆力。

这是错误：

RDKit Chem Python 教程不太好。我需要 Set Scale 函数进行绘图，但我很难理解这些参数。尽管我进行了研究，但我没有在 Internet 上看到使用示例，也没有可用的描述。感谢您的关注。

我有一个大环和共价有机笼的数据库，我希望在其中将分子/离子添加到空腔中。我需要通过 RDKIT 做到这一点。有没有简单的方法来完成这项任务？

例如：

然后我希望能够以cage_guest通常的方式操纵。

我有一个用 SMILES 字符串表示的分子数据集。我试图将其表示为图表。有没有办法这样做？例如，假设我有 string CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，有没有一种通用的方法可以将其转换为图形表示，即邻接矩阵和原子向量？我从图表中看到解决SMILES 的问题，我知道rdkit有MolFromSmiles，但我找不到从 SMILES 字符串中获取图表的东西。

在一个示例中工作时，我意识到至少有两种方法可以使用rdkit. 但是以两种方式使用完全相同的属性，我得到不同的向量。我错过了什么吗？

第一种方法：

第二种方法：

这显然是不同的，即使在这两种情况下都使用手性。

此外，还有一种方法可以bitInfo使用第二种方法从位向量中获取？

如果安装不那么复杂，RDKit 可能是一个不错的软件包。在 SO 上，有几个问题与 RDKit 的安装有关。但是，在不同的操作系统或不同的环境中。

我的配置是： Win10，Python 3.7.4，pip已安装，PATH已设置，PYTHONPATH已设置。其他模块的安装通过python -m pip install <package>.

我知道该站点建议使用 Anaconda 进行最快的安装。但是，我没有也不想要 Anaconda。

在网页上它说：“从以下位置获取适当的 Windows 二进制构建：https ://github.com/rdkit/rdkit/releases ”。但是，没有最新版本的二进制文件。

这意味着，我必须从源代码构建它。我犹豫不决，因为这个过程似乎相当复杂，许多额外的安装都有新的问题和未知数，此外，对于第一次从源代码构建二进制文件的人来说，这些说明似乎已经过时和不完整。

所以，然后我尝试了一些非官方的RDKit二进制文件。

如果我解压它们并根据说明设置路径，我会收到以下错误消息：

所以，最后我的问题：

• 如何使用上述配置正确安装 RDKit？
• 缺少的指定 DLL 是什么？
• 它在哪里期待它并搜索它？
• 这些 RDKit 3.6 二进制文件是否可能与 Python 3.7.4 不兼容？

我很确定这可能是一个“小”的东西（这里的路径或那里的检查），但我被卡住了。谢谢你的任何提示。

更新：

显然，这不仅仅是一件“小”的事情。让它发挥作用的机会很可能非常低。与此同时，我发现了这个：

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1812

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2389

如果作者rdkit写道（2019 年 4 月）：

我很高兴能够对 RDKit 进行 pip 分发，但据我所知，没有人设法弄清楚如何让它真正工作。

我很乐意接受已经解决这个问题的人的 PR，但我不太可能在不久的将来有时间自己做这件事。

所以，如果有人觉得有能力做到这一点，请随意。如果我想使用 RDKit，我会在其他方面投入时间，或者必须切换到 Anaconda。