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我正在使用 jupyter 实验室绘制化学结构。但输出图像分辨率太低。我该如何改进它？

非常感谢

我想在 Jupyter Notebook 中使用 RDKit。

我创建了一个安装了 rdkit、jupyter 和其他软件包的 conda 环境。

我可以打开 Jupyter Notebook 并导入和使用 pandas 之类的包，但无法导入 rdkit。它说“没有名为 rdkit 的模块”，即使它像其他软件包一样安装在环境中。我究竟做错了什么？rdkit 与 Jupyter Notebooks 不兼容吗？

我使用的是 Ubuntu18.04，我的 conda 环境中的 Python 版本是 3.6。

我在尝试使用 python3 和 Ubuntu 20.04 LTS 安装 RDKit 时遇到了很多麻烦尝试以这种方式安装 rdkit：

但是当我尝试使用 python3 导入它时它不起作用。它确实安装了，但它不在包列表中。使用后我也无法导入它，例如：

官网（https://www.rdkit.org/docs/Install.html）网站确实有如下安装语句，但是没有用：

我将不胜感激任何帮助！

我从事数据科学工作，在清理 Pandas 数据帧时遇到的一个典型问题是将列从一种字符串格式转换为另一种格式（特别是，我正在查看的字符串是化学标识符，它们中的每一个都以一种模糊的方式代表一个分子，所以这些字符串并不是仅仅通过查看它们就很容易理解）。我有许多小函数（继承自一个名为 RDKit 的化学库）来进行格式之间的转换，每个转换对（即输入格式和输出格式）大约有一个函数。函数名称太多，难以记住。我想编写一个包装函数，将所有这些聚合成一个具有简洁设计和用户界面的更大的单个。

问题是：给定输入和输出格式，从许多可能的小型转换函数中选择什么是一种干净的方法？我应该使用存储小转换函数名称的字典吗？

例如，假设我想从格式“微笑”转换为格式“inchi keys”，我目前这样做如下：

我想编写以下函数，而不是手动调用smile2inchikey （或Chem.MolFromSmiles和）：Chem.inchi.MolToInchiKey

它将input_string（以格式给出input_format）返回到格式output_format）。

我正在尝试为许多小分子配体生成构象异构体，以最终与之对接。我使用 RDkit 的EmbedMultipleConfs函数生成了conformers。然而，当随后目视检查 PyMol 中的构象异构体时，我注意到 RDKit 没有为芳香部分保留正确的角度。例如，在一个带有苯基的配体中，它没有保持该基团的平面性，而是将随机角度分配给该苯基，就好像它是环己烷一样。

仅加载分子时，芳香性似乎没有问题。

有没有办法来解决这个问题？

生成conformers的部分代码：

我无法弄清楚如何解决以下问题。直到今天，我一直在使用以下代码片段在 Google Colab 中安装 RDKit：

但是，今天我开始收到以下错误：

我尝试使用完整的 Anaconda 发行版而不是 Miniconda，并将 python 版本更改为 3.6 和 3.8，但似乎没有任何效果。

如何在 Colab 中永久安装库？

我按照这个线程接受的答案

如何在 Colab 中永久安装库？

RDKIT 安装我遵循https://www.youtube.com/watch?v=ERvUf_lNopo

我正在尝试安装 rdkit

但是当它正在下载和提取包时它会停止！我应该怎么办？我尝试了在互联网上找到的所有命令，但没有一个有效！

我试图突出测试分子中的碳位置，同时隐藏隐含的氢。这出乎意料地复杂，因为我有两个复合问题，每个问题都有解决方案，但不兼容。

我可以在以下条件下生成图像文件：

1. 我没有提供突出显示的原子列表 - 这在这里不是首发，这是重点。
2. 我没有隐藏隐含的氢——这“很好……我猜”，除了在大型结构中，这会创建一个巨大且不可读的支架。

如果它允许以下之一，则解决方案会很棒：

1. 简单地不在结构中渲染 1H，而是在 mol 文件中保留它们的存在（用于索引）
2. 在不显示原子图编号的情况下渲染图像- 如果不删除它们，找不到如何执行此操作。

我正在使用 rdkit Chem 库创建一个 svg 文件：

当我像这样阅读它时，它通常工作正常：

其他时候它会返回一个空字符串，除非我在阅读它之前添加一个 time.sleep(0.1) ，否则它将起作用。

任何想法为什么会发生这种情况？

编辑：

rdkit 版本：2019.09.3

操作系统：ubuntu 18.04.5 LTS

文件扩展名：svg