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我最近在 pycharm 上安装了 rdkit，首先使用 anaconda 环境，使用 conda install -c rdkit rdkit 安装 rdkit，最后将安装的 lib 包文件夹转移到我的 pycharm 使用的 anaconda 环境。

我的 pycharm 可以检测到这是一个导入的 rdkit 库，因为我可以键入以下语句，它会建议一个可能的函数列表。

但是，建议的列表缺少 rdkit 文档中的许多重要功能，例如 rdkit.chem.Molfromsmiles。是因为我必须在 rdkit 网站 ( http://www.rdkit.org/docs/Install.html ) 上进行正确的安装吗？我不确定如何在 pycharm 上执行这些操作，感谢您的帮助！

我正在使用 RDKit 根据两个具有 SMILE 结构的分子列表之间的 Tanimoto 系数计算分子相似性。现在我可以从两个单独的 csv 文件中提取 SMILE 结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块中，以及如何在两个分子列表之间逐对计算相似度？

我想将我拥有的所有 SMILE 结构（超过 10,000 个）放入“ms”列表并获取他们的指纹。然后我将比较两个列表中每对分子之间的相似性，也许这里需要一个for循环？

提前致谢！

我使用 pandas 数据框来选择并打印出带有我的结构的列表，并将我的列表保存到 list_1 和 list_2 中。当它运行到 ms1 行时，出现如下错误：

然后我检查了文件，微笑栏中只有 SMILES。但是当我手动将一些分子结构放入列表中进行测试时，仍然存在错误

例如，钆二胺的 SMILES 是“O=C1[O-][Gd+3]234567[O]=C(C[N]2(CC[N]3(CC([O-]4)=O) )CC[N]5(CC(=[O]6)NC)CC(=O)[O-]7)C1)NC"，错误码如下（运行fps行时）：

如果原始 csv 文件如下所示，如何在输出文件中包含分子名称以及相似性值：

名字，微笑，价值，价值2

分子1,CCOCN(C)(C),0.25,A

分子2,CCO,1.12,B

分子3,COC,2.25,C

我添加了这些代码以在输出文件中包含分子名称，这些是关于名称的一些数组值错误（特别是对于 d2）：

我正在研究一个涉及分子的 Python 项目，现在我一直将分子表示为图形。我有三个不同的 numpy 数组来描述每个图：一个二进制邻接矩阵，一个存储分子中每个原子的原子序数的数组，以及一个存储原子之间键类型的矩阵。我只代表图中的重原子，所以没有氢。

我正在寻找一种方法来检查分子的有效性，并且我一直在尝试使用 RDKit 的 SanitizeMol 函数来做到这一点。有没有一种简单的方法可以将图形转换为 Mol 对象？

我也有将我的 numpy 格式转换为 Networkx 图的功能，但我找不到任何方法来执行以下步骤（nx 到 RDKit）。

我一直在尝试使用 EditablMol 手动构建 Mol，但是图中没有氢会导致几个原子的化合价出现一些问题。我有点卡住了，任何帮助表示赞赏。

谢谢

我对如何安装 rdkit 和 deepchem 感到困惑。在这里，我列出了我遇到的问题，感谢您的帮助。

rdkit：经过多次试验，我终于发现rdkit 只能在python2 上使用。按照他们网站上的建议，我安装了 rdkit：

我确保 rdkit 已成功安装，因为我在从终端窗口调用时获得了正确的版本：

但是，当我打开 jupyet 笔记本并导入 rdkit 时，出现错误：

deepchem：然后我继续安装 deepchem，但由于对 rdkit 的依赖，我无法安装 deep chem。

我按照他们网站上的说明安装了 deepchem 。我在安装过程中遇到任何错误，但是当我从 jupyternotebbok 导入 deepchem 时，内核将死机：

如果我从终端导入 deepchem，我会得到

任何帮助表示赞赏。

我想使用 ppar_ligand_model 预测 Knoell 数据。但有些 SMILES 会显示此错误消息。我该如何处理？这是SMILE结构的问题吗？我应该添加什么代码来排除导致错误的材料的 SMILE？

这是源代码和github链接 run_pparg_ligand_model.py

出于某种原因，我无法使用当前设置安装任何软件包。我有 conda 3.7 版和 python 3.4。我尝试了以下方法：

在所有三种情况下，我都得到"Unsatisfiable package specifications."了它产生的提示是"rdkit has a conflict with the remaining packages."或"plotnine has a conflict with the remaining packages."

谁能指出我解决这个问题的正确方向？

我生成了一个微笑字符串列表并将它们定义为“结果”

我想使用 RDKit 将列表中的每个 SMILES 字符串转换为单独的 mol 文件。我目前的代码是这样的：

此脚本不起作用并返回：

ArgumentError：rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType) 中的 Python 参数类型与 C++ 签名不匹配：MolToMolBlock(RDKit::ROMol mol, bool includeStereo=True, int confId=-1, bool kekulize=True, bool forceV3000=False )

我将如何纠正这个问题？

谢谢！

你好1 我正在尝试使用rdkit pack完成在Jupyter Notebook“import IPython.core.interactiveshell”和“import InteractiveShell”以及“from rdkit.Chem.Draw import DrawingOptions”包中显示分子原子序数的工作，然后我正在使用“DrawingOptions.includeAtomNumbers=True”来工作，但结果根本没有显示原子索引。我不知道是什么原因导致原子数没有显示出来。所以我想请你给出一个合适的答案。非常感谢！

我想使用 rdkit 生成计数 Morgan 指纹并将它们提供给 scikit Learn 模型（在 Python 中）。但是，我不知道如何将指纹生成为 numpy 数组。当我使用

我得到了一个需要转换的 UIntSparseIntVect。我发现的唯一东西是 cDataStructs（参见：http ://rdkit.org/docs/source/rdkit.DataStructs.cDataStructs.html ），但这目前不支持 UIntSparseIntVect。