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我只是从 rdkit ( https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#generating-images-of-fingerprint-bits ) 复制并粘贴了这些代码，我希望生成图表。但是，我得到了一个长字符串。

有谁知道如何解决这个问题？非常感谢先进。

我现在在 Windows 上使用 python 3.6 和最新的 rdkit 版本（2018.09.1.0）

我正在使用 Ubuntu 16.04 并尝试从官方文档安装 RDKit 。我安装了先决条件，下载了 zip 文件并将其解压缩到我的文件夹中。制作了一个构建目录，输入它，我输入了cmake ..，这就是输出

后来当我进入时，make我收到以下信息

我已经安装了最新的 boost 库，bashrc 文件也已更新为

请帮忙！应该改变什么才能成功构建模块？

我将介绍基于 [M+H]+ 离子碎裂的正离子 ESI 质谱的工作流程。我想通过向杂原子添加一个质子来模拟电离。例如，

我想将一个质子添加到索引为#17 的 N 原子并电离该分子。如何在 rdkit 中实现这一点？

对具有楔形键的分子进行反应时出现消毒错误。我在对分子应用质子去除反应时遇到此错误，但在 MolBlock 信息中没有看到任何错误。

这是针对一个反应问题，在该问题中，我试图对一个具有异构 SMILES 的分子应用一个简单的反应（质子去除）。

我创建了一个函数来使用 SMARTS 和 SMILES 应用反应，但我收到以下我无法修复的错误。

我正在使用以下代码来加载我的输入。

这导致：

我创建以下字典来使用我的 SMILES 和 SMARTS：

在这一步，我收到了这个错误，但我无法修复它。 RDKit ERROR: [10:43:23] Explicit valence for atom # 0 C, 5, is greater than permitted

预期的结果应该是具有双键的分子及其立体异构体：

第一款产品：CC(C)=C1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1

第二个产品：C=C(C)[C@@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1

第三个产品：C=C(C)[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1

我Chem.EnumerateStereoisomers.EnumerateStereoisomers()用来获得所有立体异构体，但我只是获得第一个和第二个产品。我还添加了您的初始提案product[0].GetAtomWithIdx(0).SetNumExplicitHs(0)，该提案实际上修复了 Explicit valence 错误。但现在我正试图弄清楚如何获得所有这三种立体异构体。

任何提示为什么会发生这种情况？，因为如果我检查 mol 块以及有关化合价的所有信息，它似乎没问题。

我正在使用来自 arxiv 的 Python 中的第三方代码，它使用 RDkit 作为库。它需要一个 .sdf 文件，其中包含有关化学分子的数据作为参数，但随后 RDkit 抛出错误：

OSError: File error: Bad input file file.sdf

我按照说明安装了所有需要的软件包，按照他们的说法下载了文件，提高了我计算机中的交换空间，因为 .sdf 非常大，删除了这个文件的大部分数据......但我可以不要让它运行，这些尝试都没有成功。

我一直在寻找 RDkit 包，这是引发错误的一段代码：

它似乎是C++，我不知道。

我希望看到这段代码是如何工作的，通过哪些输入和输出来适应我的代码。我想看看这个 .sdf 文件，但也许另一个可以满足我的目的。

应用一个简单的反应后，我收到以下警告消息：

我猜这与反应后的原子映射有关，但我包含并索引智能公式以避免这种情况，使 RDKit 知道如何处理我提供的反应物，但我无法弄清楚这个警告的含义。

到目前为止我的方法：

这导致我收到以下警告：

在检查产品及其微笑时，我看不到任何与警告有关的奇怪现象。

有什么提示吗？

使用一些分子和反应，似乎在应用反应后可能找不到微笑中的手性中心。

在对分子进行一些反应后，我得到的是这个微笑： C[C](C)[C]1[CH+]/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1

这实际上似乎在碳 3 中有一个手性中心[C]。如果我使用Chem.FindMolChiralCenters(n,force=True,includeUnassigned=True)我会得到一个空列表，这意味着没有手性中心。

问题是，如果我将 H 添加到该碳 3 中，它就会[CH]被识别为手性中心，但具有未分配的类型（R 或 S）。我尝试使用添加 HsChem.AddHs(mol)然后再试一次，Chem.FindMolChiralCenters()但没有得到任何手性中心。

我想知道是否有一种方法可以识别这个手性中心，即使它们没有添加 H 并按照某种规则设置正确的手性标签。

在对我的初始 mol 应用两个 1,2 氢化物转移后（Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1'))我得到了前面提到的微笑。所以鉴于我有一些初始手性标签，我想知道是否有办法在反应后恢复失去的手性。

用于 1,2 氢化物变换的 smarts：[Ch:1]-[C+1:2]>>[C+1:1]-[Ch+0:2]

在将这种反应两次应用于所创造的产品后，我最终得到了这个微笑。

这实际上是它应该是碳 3 的手性中心的位置

有什么想法还是我应该将其报告为错误？

我正在用 scikit-learn 在 Morgan 指纹上训练一个随机森林，并且想知道哪些结构基序最重要。为此，我想绘制在x最重要的特征中产生 on-bit 的所有片段。

我Draw.DrawMorganBits在新版本中找到了该模块以及这些使用示例： https ://iwatobipen.wordpress.com/2018/11/07/visualize-important-features-of-machine-leaning-rdkit/ http://rdkit .blogspot.com/2018/10/using-new-fingerprint-bit-rendering-code.html

但是，我不知道如何生成一组独特的片段。以前我通过我的测试集，收集了 bitinfo 和分子环境，并使用Chem.MolFragmentToSmiles. 然后我从一组这些 SMILES 中创建了 mols并绘制了它们。但是，这是对环境的弱表示，并且无法绘制某些片段。我可以提供我的旧代码。它遵循旧文档https://rdkit.readthedocs.io/en/release_2017_03_1/GettingStartedInPython.html#explaining-bits-from-morgan-fingerprints

我已将分子作为.mol文件导入 rdkit。该分子包含 CN=NC 亚结构。我希望找到 CN=NC 子结构的坐标。

我尝试使用Chem.MolToBlock(molfile)列出 3D 坐标；但是，这会返回整个分子的 3D 坐标。

我的代码的基础是：

但是，我不知道是否有一种简单的方法可以返回特定原子的坐标

理想的结果是：

或类似的东西。

我已按照此处描述的步骤操作：https ://github.com/bp-kelley/rdkit-csharp尝试创建 RDKits C# Wrappers。

在尝试运行时，build.bat我遇到了与创建命名生成器（以及许多其他生成器）有关的错误，我不知道如何解决它。

build.bat参考资料Visual Studio 14和Visual Studio 14 Win64我已尝试将其更新为几种Visual Studio 16 2019不同的方式。似乎说架构应该用一个-A标志来引用，但我没有运气设置它。

如果有人可以为如何构建它提供任何指导，我将不胜感激。我发现它非常棘手。

如果有帮助，这里还有更多