rdkit - 如何在rdkit中质子化一个分子？

Question

我将介绍基于 [M+H]+ 离子碎裂的正离子 ESI 质谱的工作流程。我想通过向杂原子添加一个质子来模拟电离。例如，

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG

# read mol
mol = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)C1=CC(=NNC2=CC=C(C=C2)C(=O)NCCC(=O)O)C=CC1=O')

# draw the mol
dr = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(800,800)
dr.SetFontSize(0.3)
op = dr.drawOptions()
for i in range(mol.GetNumAtoms()) :
  op.atomLabels[i] = mol.GetAtomWithIdx(i).GetSymbol() + str((i+1))
  AllChem.Compute2DCoords(mol)
  dr.DrawMolecule(mol)
  dr.FinishDrawing()
  svg = dr.GetDrawingText()
  SVG(svg)

我想将一个质子添加到索引为#17 的 N 原子并电离该分子。如何在 rdkit 中实现这一点？

Answer 1

这些功能是您正在寻找的吗？

atom = mol.GetAtomWithIdx(17)
atom.SetNumExplicitHs(1)
atom.SetFormalCharge(1)