问题标签 [rdkit]
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ubuntu - 带有 cc1plus 的 Ubuntu - 错误未实现
我正在尝试make在 Ubuntu 11.10 上使用该命令，但出现错误。
g++ -g -O2 -fPIC -fPIC -Wall -Wpointer-arith -Wendif-labels -Wformat-security -fno-strict-aliasing -fwrapv -fexcess-precision=standard -g -fpic -Wno-deprecated -Wno-unused-功能 -I/usr/local/include -I/home/jochen/RDKit/Code -DRDKITVER='"004000"' -I/usr/local/include -I/home/jochen/RDKit/Code -DRDKITVER='" 004000"'-I. -一世。-I/usr/include/postgresql/9.1/server -I/usr/include/postgresql/internal -D_GNU_SOURCE -I/usr/include/libxml2 -I/usr/include/tcl8.5 -c -o adapter.o 适配器.cpp
cc1plus: nicht implementationiert: -fexcess-precision=standard for C++ make: * [adapter.o] Fehler 1
我已经安装了 GCC、G++ 和 build-essentials。
输出gcc -v：
Es werden eingebaute Spezifikationen verwendet。COLLECT_GCC=g++ COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.6.1/lto-wrapper Ziel: i686-linux-gnu Konfiguriert mit: ../src/configure -v --with-pkgversion=' Ubuntu/Linaro 4.6.1-9ubuntu3' --with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.6/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ ,go --prefix=/usr --program-suffix=-4.6 --enable-shared --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib --without-included -gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.
如何解决这个问题？
python - 无法在 ubuntu 11.10 中安装 rdkit
我花了很多时间尝试使用 boost 1.49 的预编译版本在 ubuntu 11.10 上为 Python 2.7 (rdkit_201106+dfsg.orig.tar.gz) 构建 RDKit。我失败得很惨。
反复出现的错误在 CMake GUI 中：
请问有什么帮助吗？
解决了之前的问题，但现在运行 python 时出现此错误，即使我按照安装过程安装了 rdkit：
python - 如何从 cgi 脚本中获取 python os.environ 参数？
当我使用
在命令行中，我得到与 cgi 脚本不同的环境变量。有没有办法通过 cgi 脚本获取 python 环境变量？
使用
我没有得到相同的参数。
你能帮我吗？
编辑：
例如在命令行中我的环境参数是
但从我的 cgi 脚本中是：
我想要通过 cgi-script 的第一组环境变量（命令行）。
当我导入 cgi 脚本时
我得到错误
但在命令行中我没有收到任何错误。
PYTHONPATH包含
'/home/galaxy/working:/home/galaxy/working/RDKit:/home/galaxy/working/mgltools_x86_64Linux2_1.5.4/MGLToolsPckgs:/home/galaxy/working/mgltools_x86_64Linux2_1.5.4/MGLToolsPckgs'
我使用更新 sys.path
python - apache 不尊重 LD_LIBRARY_PATH？
在我的网络应用程序中，我有这段代码：
这会导致它在 apache 下崩溃，在日志中我可以看到：
看起来这个问题是由 LD_LIBRARY_PATH 引起的，但我在我的 wsgi.py 文件中设置了它：
以及在 VirtualHost apache conf 中：
我可以在同一台机器上从命令行毫无问题地运行它：
当然，我可以让我的脚本打印 LD_LIBRARY_PATH 的实际值，所以我知道它设置正确，文件和路径存在并且权限很好：
我可以运行 ldd libRDGeneral.so.1.2012.09.1 来查看是否满足所有依赖项：
那么有什么问题呢？我还可以做些什么？我该如何调试它？请帮忙。
python - rdkit svg 风格和在 django 开发服务器上渲染内联 svg
您好我正在尝试在由 Django 模板呈现的文档中提供 svg 内联，其中 svg（2D 线条图）和文档上下文是动态生成的。svg_string 被放入我的 django 上下文并由模板呈现。
我使用的 django 版本是 1.4.2，Python 版本是 2.7.3 .rdkit 我所有的代码在永久 IP 上都运行良好。svg 完美呈现。
现在，当我尝试使用 django (1.4.2) 开发服务器测试包含视图的 SVG 时http://127.0.0.1:8000
我只得到在 Chrome、Firefox 和 Safari 中呈现的 svg 中的文本标签。
然而，这两个 svg 之间有一个区别。它们由不同版本的 rdkit Cheminformatics 库生成，该库在后端使用 cairo。
生产服务器提供的 svg 在 html 页面的视图源中具有 svg：
开发服务器 svg 以文本形式查看时具有不同的结构，并显示以下行为：将其保存到文件后在浏览器中呈现：有效。将内容类型强制为 xhtml+xml 后在浏览器中呈现：有效。
不与默认 content-type 内联呈现。仅显示字体。
svg 看起来像
可悲的是，使用 xhmtl+xml 会破坏我所有的 css 和 javascript（引导程序），因此不可行。
我已经尝试了其他建议的解决方法以在开发过程中正确呈现此 svg 对我不起作用。
有没有办法让上面显示的 rdkit 库提供的内联 svg 在开发服务器中呈现而不使用 xhtml+xml 内容类型？
python - 如何处理/映射自定义 postgresql 类型到 django 模型
我正在使用 rdkit 一个化学信息学工具包，它提供了一个 postgresql 墨盒以允许存储化学分子。我想创建一个 django 模型如下：
所以我想将“rdkit_mol”映射到 rdkit postgres 数据库目录类型“mol”。在 SQL 中，“mol”列是从“smiles”字符串使用类似语法创建的
这些调用由墨盒定义的“mol_from_smiles”数据库函数来创建 mol 对象。
我是否应该让数据库在保存期间处理此列的创建。我可以让他们在 postgres 中定义一个自定义 TRIGGER，它运行 mol_from_smiles 函数来填充 rdkit_mol 列。
我还希望能够使用返回 django 模型的 mol 自定义功能执行查询。例如，其中一个 SQL 查询可以让我返回化学上看起来像这样的复合模型。目前在 SQL 我做
然后，这基本上返回了化学“化合物”对象。
我的问题是：鉴于我的领域的自定义性质。有没有办法将数据库“mol”类型的特征与 django 复合模型混合和匹配？有什么方法可以实现这一目标。
目前我倾向于不使用 Django ORM，而只使用原始 SQL 来回数据库。我想知道是否有使用这种自定义类型的 django 方式。
在我目前的混合方法中，我的观点看起来像这样。
这种混合方法是否可取，或者是否有更多的 pythonic/django 方式来处理这种自定义数据类型。
heroku - 你是如何在heroku上安装rdkit的
我需要在 heroku 中安装 rdkit 才能运行我的 heroku 应用程序。我通过使用在我的笔记本电脑本地安装了 rdkit
sudo apt-get install python-rdkit.
但是当我使用 生成需求文件时pip freeze，生成的文件没有显示 rdkit。pip install python-rdkit或者pip install rdkit不工作。谁能告诉我如何在heroku上安装rdkit？
arrays - 单词数组（指纹）的位匹配模拟
我正在尝试使用为每种化合物预先计算的 Avalon 指纹对化学数据库执行子结构搜索。在 RDKit 中有一种方法可以比较这些指纹：
DataStructs.AllProbeBitsMatch ( fp1, fp2 )
文档这样描述此方法：“如果第一个参数中的所有位与第二个参数中的泡菜定义的向量中的所有位匹配，则返回 True”。
他们谈论位向量，但这个指纹也可以“作为单词”计算（整数数组，通过 RDKit 中的 GetAvalonFPAsWords 方法，我可以将其存储在 MongoDB 中，并希望在没有 RDKit 的情况下执行搜索，只使用数据库的功能（必须快得多）。
所以这是我的问题：我需要对数组进行某种操作，这相当于位向量的 AllProbeBitsMatch。理想情况下，此操作应在 MongoDB 上完成，可能使用聚合功能以获得更好的性能。
这是一篇关于 RDKit 和 Avalon 指纹的文章，供我参考：http ://rdkit.blogspot.com/2013/11/fingerprint-based-substructure.html
python - 使用 PyQt4 在 Python 中实现按钮功能
我正在尝试在窗口中创建一个按钮，该按钮最终将运行我用代码编写的函数。到目前为止，我的 GUI 代码如下：
我试图通过按钮运行的函数是一个简单的嵌套循环，它将获取我通过“上传 sdf”按钮上传的文件并通过该函数运行它。如何使用 PyQt 将该功能链接到按钮。这是供参考的功能：