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我正在使用来自 arxiv 的 Python 中的第三方代码，它使用 RDkit 作为库。它需要一个 .sdf 文件，其中包含有关化学分子的数据作为参数，但随后 RDkit 抛出错误：

OSError: File error: Bad input file file.sdf

我按照说明安装了所有需要的软件包，按照他们的说法下载了文件，提高了我计算机中的交换空间，因为 .sdf 非常大，删除了这个文件的大部分数据......但我可以不要让它运行，这些尝试都没有成功。

我一直在寻找 RDkit 包，这是引发错误的一段代码：

LocalForwardSDMolSupplier(std::string filename, bool sanitize, bool removeHs,
                          bool strictParsing) {
  std::istream *tmpStream = nullptr;
  tmpStream = static_cast<std::istream *>(
      new std::ifstream(filename.c_str(), std::ios_base::binary));
  if (!tmpStream || (!(*tmpStream)) || (tmpStream->bad())) {
    std::ostringstream errout;
    errout << "Bad input file " << filename;
    throw RDKit::BadFileException(errout.str());
  }
  dp_inStream = tmpStream;
  df_owner = true;
  df_sanitize = sanitize;
  df_removeHs = removeHs;
  df_strictParsing = strictParsing;
  POSTCONDITION(dp_inStream, "bad instream");
}

它似乎是C++，我不知道。

我希望看到这段代码是如何工作的，通过哪些输入和输出来适应我的代码。我想看看这个 .sdf 文件，但也许另一个可以满足我的目的。

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最后，我在原始代码中发现该文件的路径不正确。它需要添加../之前，因为它正在调用另一个文件夹中的文件，而不是来自主文件夹，而是来自其中一个子文件夹。

多谢你们！

于 2019-04-10T10:59:39.940 回答