python - 在 anaconda 上安装 rdkit 和 deepchem

Question

我对如何安装 rdkit 和 deepchem 感到困惑。在这里，我列出了我遇到的问题，感谢您的帮助。

rdkit：经过多次试验，我终于发现rdkit 只能在python2 上使用。按照他们网站上的建议，我安装了 rdkit：

$ conda create -n rdkit -c rmg rdkit
$ source activate rdkit 

我确保 rdkit 已成功安装，因为我在从终端窗口调用时获得了正确的版本：

>>> rdkit.__version__
'2016.03.4'

但是，当我打开 jupyet 笔记本并导入 rdkit 时，出现错误：

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-6b72bd8913ab> in <module>()
----> 1 import rdkit

ImportError: No module named rdkit

deepchem：然后我继续安装 deepchem，但由于对 rdkit 的依赖，我无法安装 deep chem。

Answer 1

这里有几个建议：

• 尝试使用单行 DeepChem 安装命令conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.3.0。这将自动为您在相同的环境中安装 rdkit。
• 如果您的环境和 rdkit 遇到问题，我建议您使用 Google colab。这将使您无需处理本地安装问题即可进行实验https://forum.deepchem.io/t/getting-deepchem-running-in-colab/81