python - 生成小配体的构象异构体但保留正确的芳香性

Question

我正在尝试为许多小分子配体生成构象异构体，以最终与之对接。我使用 RDkit 的EmbedMultipleConfs函数生成了conformers。然而，当随后目视检查 PyMol 中的构象异构体时，我注意到 RDKit 没有为芳香部分保留正确的角度。例如，在一个带有苯基的配体中，它没有保持该基团的平面性，而是将随机角度分配给该苯基，就好像它是环己烷一样。

仅加载分子时，芳香性似乎没有问题。

有没有办法来解决这个问题？

生成conformers的部分代码：

def gen_conformers(ligandpdb, structure):
    """Generates 100 conformers for crystal ligand"""

    mol=Chem.MolFromPDBFile(ligandpdb, removeHs=True, sanitize=True)
    conf_ids=AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, 100, numThreads=0, clearConfs=True)

Answer 1

我相信您的问题可能是您正在从 PDB 文件中读取输入。PDB 文件不包含小分子的键序。您最好的选择是从模板分子中分配正确的键顺序，如下所示：

smiles = 'c1ccccc1'  # benzene (replace with the SMILES for your molecule)
template = Chem.MolFromSmiles(smiles)

# Read molecule from PDB file
mol = Chem.MolFromPDBFile(ligandpdb, removeHs=True, sanitize=True)

# Assign bond orders from template
new_mol = AllChem.AssignBondOrdersFromTemplate(template, mol)

此外，在生成构象异构体时，最好将氢添加到分子中。