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我试图突出测试分子中的碳位置，同时隐藏隐含的氢。这出乎意料地复杂，因为我有两个复合问题，每个问题都有解决方案，但不兼容。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import SVG
import rdkit

Molblock = 'molblock information here'
mx = Chem.MolFromMolBlock(Molblock,sanitize=False)# this molblock already provides an atom map, which I must remove to keep from displaying all assignments in the final image


def remove_atom_indices(mol):
    for a in mol.GetAtoms():
        a.SetAtomMapNum(0)

remove_atom_indices(mx) # remove atom indicies, to keep them from being displayed - can this be passed as an arg? 
highlight = [96,89,113] # locations of atoms I wish to highlight, fetched from indicies which are now removed
drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(500,500) # I want to actually see this with eyeballs
# mx=Chem.RemoveHs(mx) #this does not work - assuming it rewrtires the indicies and is now incompatable when they are removed
drawer.DrawMolecule(mx,highlightAtoms=highlight)
drawer.FinishDrawing()
svg = drawer.GetDrawingText().replace('svg:','')
SVG(svg)

我可以在以下条件下生成图像文件：

  1. 我没有提供突出显示的原子列表 - 这在这里不是首发，这是重点。
  2. 我没有隐藏隐含的氢——这“很好……我猜”，除了在大型结构中，这会创建一个巨大且不可读的支架。

如果它允许以下之一，则解决方案会很棒：

  1. 简单地不在结构中渲染 1H，而是在 mol 文件中保留它们的存在（用于索引）
  2. 在不显示原子图编号的情况下渲染图像- 如果不删除它们，找不到如何执行此操作。
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抱歉，如果我没有正确理解您的问题，但是如果氢是隐式的，则无需直接修改 mol 对象以防止它们显示。您可以使用 RDKit Cookbook 中的这段代码：https ://rdkit.org/docs/Cookbook.html#without-implicit-hydrogens

for atom in m.GetAtoms():
    atom.SetProp("atomLabel", atom.GetSymbol())

至于隐藏原子索引，您可以drawOptions像这样修改：http ://rdkit.blogspot.com/2020/04/new-drawing-options-in-202003-release.html#Atom-and-bond-indices

drawer.drawOptions().addAtomIndices = False

这是一个线程，其中包含有关 RDKit 如何处理氢的更多信息：https ://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/message/36699970/

于 2021-01-19T21:51:28.433 回答