2

我正在尝试使用rdkitPython 中的包确定任何分子中的链烷烃基团的数量。最初我开始确定石蜡 CH3 基团，我必须将其扩展到石蜡 CH2 和石蜡 CH 基团。

在MWE中，我试图通过匹配的子结构来确定这一点，但它不能按预期工作。我也尝试为此搜索Fragments功能，但它不可用。

如何确定rdkitPython 中任何分子的链烷烃 CH3、CH2 和 CH 基团的数量？

MWE

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors, Draw, Fragments

smiles_n_decane = 'CCCCCCCCCC'
smiles_branched = 'CCC(C)(C)C(C)CC(C)(C)C'
smiles_carboxylic_acid = 'C1=CC=C2C(=C1)C(C3=CC=CC=C3O2)C(=O)O' # Xanthene-9-carboxylic acid

m =  Chem.MolFromSmiles(smiles_branched)

print m.HasSubstructMatch(Chem.MolFromSmiles('[CH3]'))
print Fragments.fr_Al_COO(m)

问题示例

对于下面给出的分子（2,2,4,5,5-五甲基庚烷）：

在此处输入图像描述

代码应该给我以下输出：

  • 不。CH3 组数：7
  • 不。CH2 组数：2
  • 不。CH 组数：1
4

1 回答 1

2

您应该使用SMARTS进行子结构查询。此外，GetSubstructMatches()如果查询匹配，将返回所有子结构匹配，而不是仅返回布尔值HasSubstructMatch()： 

ch3 = Chem.MolFromSmarts('[CH3]')
ch2 = Chem.MolFromSmarts('[CH2]')
ch1 = Chem.MolFromSmarts('[CH]')

print("no. of CH3 groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch3)))
print("no. of CH2 groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch2)))
print("no. of CH groups:", len(m.GetSubstructMatches(ch1)))

[Out]:
no. of CH3 groups: 7
no. of CH2 groups: 2
no. of CH groups: 1
于 2020-04-23T09:27:04.040 回答