问题标签 [pubmed]

我正在尝试使用 RISmed 包从 PubMed 科学数据库中提取数据。我以前使用过完全相同的程序，但现在我无法让它工作。下面的示例是一个玩具示例。

图书馆（RISmed）

res <- EUtilsSummary("pinkeye", type="esearch", db="pubmed", datetype='pdat', mindate=2000, maxdate=2015, retmax=500)

文件中的错误（con，“r”）：无法打开连接

查询计数（res）

QueryCount(res) 中的错误：找不到对象“res”

'QueryCount(res)' 应该返回使用查询找到的命中数，但由于它没有找到连接，所以它没有找到任何命中。

我检查了R 是否有互联网连接，看起来确实如此；我的mac似乎也没有任何问题。还有其他人也收到此错误吗？你知道怎么解决吗？

非常感谢您的帮助！

我的总体目标是构建一个共同作者网络图。我有一份 PubMed ID 列表，这些是我对共同作者网络绘图感兴趣的唯一出版物。我不知道如何使用rentrez 在我的查询中同时获取作者姓名和各自的附属机构。我可以得到这两个信息，但我的从属关系列表比我的作者列表少大约 300，所以显然有些人没有提供从属关系，但我不知道是谁。有什么方法可以结合搜索作者和附属机构吗？[当我在我的 entrez_fetch 中进行这两项操作时，它只是分别给了我一个作者和附属机构的列表，所以我仍然无法弄清楚哪个附属机构属于哪个作者。]

这一切都很好，但我无法弄清楚哪些作者与哪些隶属关系，因为它们的长度不同。

任何帮助将不胜感激。谢谢！

I am collecting author's information and article information for a search term in PubMed. I am getting author name, publication year and other information successfully using entrez_fetch in rentrez package. Following is my example code:

Despite getting all the information I needed, I am having an issue in figuring out which authors are for which PMID. It is because length of authors are different for each PMID. For example, if I parsed author information for 100 articles as in my code, I get more than 100 authors name and I can not associate it with respective PMID. Overall, I would like to have an output data frame like this:

So this way, I would know which are authors are associated with which PMID and it useful for further analysis.

Just for the note, this is a small example of my code. I am collecting more information using XML parsing via entrez_fetch in rentrez package.

This problem is really bugging me and I would really appreciate any help or guidance. Thank you for your efforts and help in advance.

这是一个具体的问题，但以前一定有人这样做过。我想从 pubmed 获得最新的论文。不是关于某些主题的论文，而是所有主题的论文。我想根据修改日期（mdat）进行查询。我使用 biopython.py，我的代码看起来像这样

然而，这导致零论文。如果我添加 term='cancer' 我会得到大量论文。所以查询似乎需要术语关键字......但我想要所有论文，而不是某些主题的论文。任何想法如何做到这一点？谢谢卡尔

我不是XML专家。XML使用 . 解析文件时遇到问题rentrez。我试图将每个 pmid（PubMed 数据库中的文章 ID）的作者和隶属关系作为输出。我的代码运行良好，除非作者有多个从属关系。当作者有多个从属关系时，列的长度first_names、、 last_names和affiliation变得不同，它会返回错误。我真的没有 xml 解析方面的专业知识来处理这个问题。我严格期待如下结果：

entrez_fetch 返回的示例 XML 文件的结构如下：

以下是我正在使用的代码，它运行良好，除非 PubMed 数据库中一篇文章的作者有多个隶属关系：

非常感谢任何帮助和支持。

最近，使用Biopython从 Pubmed 中提取了一些摘要。我的代码是用Python3编写的，如下所示：

我想获得200个摘要，但它只能获得三四个摘要。然后，出现错误：

handle.read()似乎对那些具有某些符号或单词的抽象有问题。我尝试使用print来了解以下类别handle：

结果是：

我已经在很多页面上搜索了解决方案，但没有一个有效。任何人都可以帮忙吗？

有没有办法下载 Entrez 模块返回的 XML 文件并将其保存到本地磁盘？我目前正在做的是：

然后通过 Python 的 write 函数将article哪个对象保存为 xml 文件。str

BioPython 是否提供了一种自动将文件下载到磁盘上的方法？

我正在使用 Entrez E-Utilities ESearch 功能来确定一组搜索词的结果数量。

集合中有 15 个搜索。下面的函数运行大约需要 30 秒：

在浏览器中手动加载 XML 文件几乎是即时的。我不确定为什么循环 15 次搜索并检索 Count 属性需要这么长时间。任何帮助将非常感激！

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#_chapter4_ESearch_

我正在使用 R 用一长串 PMID 查询 PubMED。因为 entrez_fetch 一次只能做一个特定的数字，所以我将我的 ~2000 个 PMID 分解为一个包含多个向量的列表（每个向量长度约为 500）。当我查询 PubMED 时，我从 XML 文件中提取每个出版物的信息。我最终想要的是这样的：

每个出版物都有一个唯一的 PMID，但每个 PMID 可能有多个出版物类型（如上所示）。我可以从 XML 文件中查询到 PMID 号，并且可以得到每个 PMID 的发布类型。我遇到的问题是重复PMID x 次，以便每个PMID 与其拥有的每种发布类型相关联。如果我的数据没有包含在具有多个子列表的列表中（例如，如果我有 14 个批次，每个批次作为自己的数据框），我可以通过从父 PublicationType 节点获取子节点的数量来执行此操作。但我似乎无法弄清楚如何在列表中执行此操作。

到目前为止，我的代码是这样的：

trial1 是我遇到的问题。这给了我一个列表，在每个批次中，我有一个用于 pub.type 的向量和一个用于 or.pmid 的向量，但它们的长度不同。

我试图弄清楚每个出版物有多少个儿童出版物类型，所以我可以多次重复 PMID。我目前正在使用以下代码，但它不能满足我的要求：

不幸的是，这只是告诉我每个批次的子节点总数，而不是每个出版物（或 pmid）的总数。

在 python 3.5 中，为了根据他们的DOI从pubmed下载一些论文，我在github https://github.com/antiufo/scihub.py上使用了这个链接

首先，我安装了所有软件包，然后我将这个类https://github.com/antiufo/scihub.py/blob/master/scihub/scihub.py复制到我的项目中，之后在scihub.py之外的一个新项目中我'已经从 SciHub 类创建了一个对象，用于通过它的DOI下载和获取论文，如下所示：

在这个链接：https ://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28440475 DOI是：10.3892/or.2017.5600我想下载这篇论文。

但什么也没发生。我该如何解决这个问题？