问题标签 [pubmed]

我最近一直在使用优秀的rplos包，它可以很容易地搜索托管在公共科学图书馆 (PLOS) API 上的论文。我遇到了一个障碍，因为 API 本身似乎缺少一些信息 - 一个主要问题是至少有 2012 篇关于 API 的论文在“期刊”字段中没有信息。我有每篇论文的 DOI，因此很容易通过 Google 搜索 DOI 并显示这些是发表在真实期刊上的真实论文，通常是 PLoS ONE。显然，这样做 2000 次是愚蠢的。

我想知道是否有人知道如何找到来源期刊，如果我有 DOI 列表？我查看了RISmed 包，它显然可以从 R 中搜索 PubMed，但我无法弄清楚如何让它提供有用的信息（只是搜索命中的数量，以及一些可能导致我想要的信息的 PubMed ID） .

有人知道如何将 DOI 列表转换为来源期刊名称吗？

编辑：我只是想到了另一个简单的解决方案。DOI 包含期刊名称的缩写，对于这种只有少数期刊的情况，可以使用正则表达式读取 DOI 并选择它们来自哪个期刊。示例：10.1371/期刊。pone .0046711 来自 PLoS ONE。

有没有办法使用 Biopython 找出数据库的更新状态？

我正在尝试做这样的事情；

1. 我有一个 100000 个医学术语的列表

2. 7 月 1 日，我检索了所有 100000 个术语的 ID 列表。

3. 今天（7 月 3 日）我想知道是否为 100000 个术语中的任何一个添加了新文章。

一种方法是重复整个过程（获取所有 100000 个术语），如下所示；

有没有办法只找出今天在 pubmed 中更新的条款？

如果我的条款是更新列表的一部分，我只需要搜索更新的条款，而不是所有 100000 个条款。

我正在尝试使用以下标准代码从 pubmed 检索特定关键字集的 ID，

简而言之，我要做的是创建与每个关键字同名的文件夹，在文件夹中创建一个文本文件，通过代码从 pubmed 获取 id 并将 id 保存在文本文件中。当我最初测试它时，我的程序运行良好，但是，经过几次尝试后，它开始向我抛出目标机器主动拒绝连接错误。更多可能有用的细节，

头信息

• 主机 = 'eutils.ncbi.nlm.nih.gov'
• 连接 = '关闭'
• 用户代理 = 'Python-urllib/2.7'

网址

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?term=%22inflammasome%22&retmax=10&db=pubmed&tool=biopython&email=ANOther%40example.com

主机= '127.0.0.1:13828'

我知道这个问题已经被问过很多次，响应是端口没有在监听，但我想知道这是否也是我的问题，那么如何让应用程序在这个特定端口上工作。我已经进入我的防火墙设置并打开了一个端口 13828，但我不确定除此之外还能做什么。如果不是这种情况，有什么可能的解决方案？

谢谢！

我正在尝试使用 python 和 twill 在 PubMed 数据库上自动进行搜索，但现在我在让一个搜索工作时遇到了问题。我的基本代码如下所示：

当我运行它时，我得到这个输出：

所以我知道我的代码正确输入了搜索词，但是当我提交时，它不起作用。

所以，我提交不正确或使用了错误的提交框。我知道当我搜索时，术语巨噬细胞会出现在页面上，所以在提交步骤中出现了问题。任何帮助表示赞赏。当我尝试使用诸如“;lkjasdlfkjasd”之类的垃圾短语时，我希望“未找到任何项目”，但我也没有看到。

我想在网页中将 pubmed 中央 xml 文件显示为 html。PubMed 中心 xml 文件如下所示（xml 示例的第一部分）：

我尝试使用 simplexml_load_file，但我什么也得不到（可能是因为第一行以“article....”开头）。当我将第一行更改为

simplexml_load_file 为其余代码提供了很多错误，并且没有加载任何内容。

我也尝试了以下方法，但什么也没发生：

可能吗？

我正在尝试使用 RefManageR 和 PubMed ID (pmids) 从 PubMed 检索引文信息。

我选择了 RefManageR，因为它很容易以 data.frame 格式粘贴输出。对我来说，我自己仍然很难理解和使用 PubMed API。

我能够编写使用“PMId 字符串”作为输入来获取数据的代码：

但是，如果我想从 500 pmids 获得引文，我想我应该避免在 PubMed 服务器中进行长查询。我的想法是创建一个循环遍历 vector 中所有元素的函数index10，类似于：

它给出以下错误：Error : Internal server error。

但是，如果我插入indice10（字符串）而不是index10（向量），它会起作用：

¿我怎样才能使这个循环工作？或者这种方法对我的目的来说不是最好的？

我想在 pubmed 数据库中的搜索中使用基因符号列表（下面命名为 t），以便（最终）检索相关基因的 DNA 序列。我只想将我的搜索限制在人类身上，但我当前的代码给了我人类以外的生物。

任何人都可以看到我要去哪里错了吗？

我正在编写一个 Python 脚本（从此处修改并在下面报告）以在 PubMed 上搜索某所大学的论文数量，并下载合作者的隶属关系。如果我运行代码，而不是我得到的从属关系<Element 'Affiliation' at 0x106ea7e50>。你知道如何解决这个问题吗？我应该怎么做才能为所有作者下载从属关系？谢谢！

有谁知道我如何可以轻松下载所有已发表的文章摘要？我正在做一个文本挖掘项目。

在给定 pmid 的情况下，我能找到的最接近的一个可以一次下载一个摘要，但这对于我的目的来说太慢了，因为我必须一次下载一个。

我今天才开始直接使用carrot2（我以前有使用它作为@note2 的一部分的经验）。

我可以通过http://search.carrot2.org或工作台应用程序搜索网络和维基百科。

搜索 pubmed 源时，出现以下错误：

它们可能是瞬态的还是版本相关的？有没有其他人成功地用carrot2搜索和聚类pubmed记录？