问题标签 [pubmed]

我有一个 pmids 列表，我想在一个 URL 中获取它们的摘要

我的要求是获得这种格式

我可以通过尝试每个 id 并更新字典来获得上述格式，但为了优化时间，我想将所有 id 提供给 url 并处理并只获取摘要部分。

我正在尝试从 PUBMED 报废的数据中学习动态主题建模（以捕获单词中的语义变化）。我能够以 xml 的形式获取数据，并能够从中提取“抽象”文本和日期信息，并将其保存为 csv 格式。（但这只是数据的一部分。）

获得的格式

年|月|日|摘要文本

我打算为我的模型使用 gensim lda

我以前从来没有真正做过主题建模，需要你的帮助来指导我一步一步完成这个过程。

问题：

1. csv 是输入 gensim lda 的首选格式吗？
2. 对于动态建模，应该如何在模型中捕获和使用数据的时间方面？
3. 有没有比 csv 文件更好的方法来组织数据？
4. 我应该为此使用正文而不是摘要吗？

希望我能从中学到很多。提前致谢。

我在 R 中使用包 RISmed 以从 PubMed 获取信息。'Mesh' 包功能允许我获得每个引文的 MeSH 术语。然而它是一个列表，包含一个数据框。除了相应的引用 ID (PMID) 之外，我还想列出每个 MeSH 术语。例如，我可以构建一个包含两个值的表：

第一列是一个 char 对象，但第二列是一个列表，包含一个数据框。如果第 1 列中的值为“29145282”，第 2 列的内容是“心肌病，肥厚”，“联合治疗”和“诊断，鉴别”，我想获得：

我怎么能做到这一点？

我必须询问用户查询，然后打印匹配的数量，以及前 5 个返回结果的标题、第一作者姓名、最后作者姓名。

到目前为止我所拥有的：

我一直在使用 RISmed 包，但是，当某些文章有另一种语言的 ArticleTitle（pubmed 内部出现在方括号之间）时，R 包返回 NULL。你知道有什么方法可以规避这个问题吗？非常感谢

我有一个如下所示的数据框；

我想使用 easyPubMed 包在 Pubmed 中逐行运行查询。对于每一行/查询，都应该获取 PMID 列表。此列表应在另一个名为“PMID”的列中检索。

我编写了以下函数来使用 Entrez 从 PubMed 中提取数据：

但是，此功能并不总是有效，因为并非所有 MEDLINE 记录都包含所有字段。例如，此PMID不包含任何 MeSH 标题。

我可以用 try-except 语句包装每个项目，例如abstract：

但这似乎是一种笨拙的实现方式。有什么更优雅的解决方案？

我想生成一个如下所示的数据框；

在此处输入图像描述

因此，我有一个名为“查询”的列，其中包含要在 Pubmed 中搜索的关键字行。如果直接在 Pubmed 中搜索这些关键词，会产生 100 多个结果。我想检索“结果”列中结果的所有 PMID。目前我正在使用以下基于“easyPubMed”包的代码；

但是，此代码为每个查询检索最多 20 个结果。我读到“get_pubmed_ids()”函数只能返回 20 个结果。

任何人都可以为这个问题提出一个答案吗？

如何从 json 文件中获取来源、标题、issn、作者……：JSON 文件

我们尝试过：

但是什么都没有发生...

你能给我 json 文件的解决方案（从 pubmed 数据库生成）。

谢谢你。

我有一个摘要的 PubMed ID，例如10748870. 我想使用 BioPython 获取摘要的发布日期。

例如，具有 PubMed ID 的文章的发布日期10748870为Dec 1999.