问题标签 [pubmed]

我想通过python查询pubmed。我找到了一个很好的生物学相关库来做到这一点：http: //biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

我在这里找到了一些示例代码：http: //biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc116

当我更改电子邮件并运行此代码时，我收到以下错误：

问题的根源没有太多线索。我不知道它试图访问什么网址。当我搜索“pubmed entrez urllib2.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found”时，我得到 8 个结果，其中没有一个是相关的（除了这个线程）。

我正在为一个 Ruby 脚本编写一个 rspec，其中包括使用这个 api 从 PMid 转换为 PMCid。

像这样调用它可以正常工作：

但是我正在写一个规范并且想要一个失败的调用，比如当有人传入一个字符串而不是一个数字时。所以我尝试了这个：

这将返回 599027 个 PMCid！

我刚刚检查了反向服务：

蚂蚁电话：

看起来不错。

有谁知道这是否是 PMid 到 PMCid 服务的正确（和记录）行为？

有趣的是，当我反向查找“foobar”返回的一些 PMCid 时，它们都显示匹配的 PMid 为零：

我正在寻找用于存储大量数据的 plucene，我对此很陌生。数据的每条记录都有一个唯一的 ID 和另外 3 个字段。这些字段有很多文本，但我只希望 id 可以搜索/索引，所以当我提供 id 时，我可以检索其他字段。一个简单的示例代码是这样的：

我正在尝试使用 plucene::simple 并且我有 2 个问题/问题：

1. 我看不到不索引某些字段的选项。
2. 在@results数组中我会得到'id1'. 我怎样才能找回例如抽象领域？

提前致谢

我正在尝试从 PubMed 的 Eutils 生成的 XML 输出中构建一个 ID 数组。

这是 GitHub 上的代码。下面是具体的子程序。

解决这个问题的最佳方法是什么？

以下是 PubMed XML 结果的样子：

我正在尝试使用 python 抓取 pubmed 并获取一篇文章引用的所有论文的 pubmed ID。

例如这篇文章（ID：11825149） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11825149 有一个页面链接到所有引用它的文章： http ://www.ncbi.nlm.nih.gov /pubmed?linkname=pubmed_pubmed_citedin&from_uid=11825149 问题是它有超过 200 个链接，但每页只显示 20 个。url 无法访问“下一页”链接。

有没有办法打开“发送到”选项或使用 python 查看下一页的内容？

我目前如何打开 pubmed 页面：

从中我可以提取第一页上链接引用的所有内容，但是如何从所有页面中提取它们？谢谢。

我正在使用 Bio::DB::EUtilities 来查询具有给定 PMID（Pubmed Id）的 Pubmed DB。

有没有办法直接访问对象（例如抽象）而不是写入文件响应并使用 XML::Twig 左右？

我正在尝试使用cheerio 废弃一些PubMed 数据。以下脚本可以正常工作，但是当某些 xml 标记不存在时，它会生成错误排序的输出。

在此示例中，摘要在第一个标题下方输出，而不是第二个，因为第一篇文章不包含摘要。

我使用Entrez Utilities Web Service 库从我的 Java 应用程序访问 pubmed 文章（使用 pubmed 标识符）。Renaud在github上的这篇文章中发布了如何使用此工具的完整工作示例。在大多数情况下一切正常，但是最近我发现了一个 pubmed id 导致库崩溃。

我使用的代码如下所示：

当我用这个函数调用这个函数时，id = 22363258我得到了一个根本没有信息的错误：

所以，我有两个问题：

• 是什么原因？我能做些什么来解决它？
• 是否有任何其他 java API 可用于访问 pubmed 摘要？我知道我可以解析 html 页面，但我真的不想这样做，因为它引入的问题多于解决的问题......

我有一些代码可以访问 PubMed 中的文章并解析每个 XML 中的一些信息。该程序在我的计算机上运行良好，但需要很多时间才能完成。因此，当我在 unix 机器上运行它时，特别是针对这类事情，我发出的每个请求都会被阻止。在机器认为它是病毒之前，每分钟可以发出多少个限制，但这不是问题，因为所有请求都被阻止。我查了一下，这只发生在 PubMed 网站上的请求中。

提前致谢

编辑：我使用 jsoup 进行连接。从我的程序中使用 ProcessBuilder 运行 wget 不会被阻塞，但是效率成为一个问题，因为 wget 的输出只能被读取，while(br.readline() != null)并且这会占用大量运行时间。

我目前有以下查询发布的代码：

此代码能够告诉我文章是否有摘要，但我找不到任何有关如何实际返回摘要的文档。可以使用 biopython 吗？如果不是还有其他方法吗？