问题标签 [pubmed]

我想知道Bio.Entrez是否检索 PubMed 文章的efetch()所有元数据，给定一个 PMID 作为输入。对于所有元数据，我的意思是 PubMed 是否有比efetch()检索到的更多的元数据。

例如，我看到对于 PMID 23954024，efetch()检索的摘要包含的信息比 PubMed 网站 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23954024 ) 上的摘要少：

efetch()：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23954024：摘要 目标：肩袖肌腱病是肩痛的常见来源，其特征是部分患者出现持续和/或反复出现的问题。本研究的目的是试验提出的方法，以进行实质性研究，以评估自我管理的负荷运动计划与常规物理疗法治疗肩袖肌腱病的有效性。

（的摘要中缺少OBJECTIVES、DESIGN、SETTING等。）efetch()

还遗漏了哪些其他元数据efetch()，有没有办法以编程方式检索丢失的信息？

给定 pmid 是否可以获得类似的 pubmed 文章。示例此链接显示右侧的类似文章。

我正在使用 R 中的rentrez包搜索 PubMed，并希望获得按相关性排序的结果。目前它们按出版日期排序。

我正在使用 python api Bio 访问 pubmed 中央数据库，但不幸的是我只能从这个 api 中获取摘要我想知道是否可以获取全文以及如何获取

molp5 是一个包含如下分子列表的文件

这是我的代码：

我正在使用Biopython. 这是代码的一部分：

我希望结果只有英文的论文。我检查了http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/上的文档，但没有找到此过滤器的属性。

PubMed的手动搜索允许按语言过滤。我应该如何修改代码？

我从 pubmed.com 下载了感兴趣的摘要，然后使用带有 readabs() 函数的 pubmed.mineR 包阅读它们。它应该创建类“Abstracs”的对象，但是当我输入 ls() 时，它给了我字符 (0)。我想使用 searchabsL(Object,include="protein") 搜索摘要，但我不知道怎么做？

我想使用 Biopython 搜索 Pubmed（代码在 Biopython 文档中）并在 Gtk.TextView 中显示每条记录的结果（标题、作者、来源）。该代码在刚刚打印时有效，但是当我尝试使用 TextView 时，只显示第一条记录。如果有人知道为什么会这样，我将不胜感激。

这是我到目前为止所得到的......

我编写了一个 R 代码来使用期刊名称、日期、卷、期号和页码来获取 Pubmed ID 和标题。

该文件包含如下行

我想要的输出是这样的：

同样对于文件中的所有行

我为此用 R 编写的代码是

这给出了如下错误：

请让我知道我哪里出错了？

我正在开展一个项目，该项目要求我pubmed使用电子表格中的输入进行搜索Excel并打印结果计数。我一直在使用xlrd并entrez完成这项工作。这是我尝试过的。

1. 我需要pubmed使用作者姓名、他/她的医学院、年份范围和他/她的导师的名字进行搜索，这些都在Excel电子表格中。我曾经xlrd将包含所需信息的每一列转换为字符串列表。

   /li>

2. 我已经设法使用 Entrez 打印了我的特定查询的计数。

   问题是我需要将学生姓名（“Jennifer Runch”）替换为学生姓名列表中的下一个学生姓名（“med_name”），将医学院替换为下一个学校，并将当前导师的姓名替换为下一个列表中的导师姓名。

我想我应该在将我的电子邮件声明为之后编写一个 for 循环pubmed，但我不确定如何将这两个代码块链接在一起。有谁知道连接两个代码块的有效方法，或者知道如何以比我尝试过的更有效的方式来做到这一点？谢谢！

我正在使用JEUtils来获取和解析 Java 中的 Pubmed 结果（这是一个似乎被放弃的工具）。

由于几天前该工具在某些结果中抛出异常，并且经过检查，Pubmed 似乎不尊重自己的DTD（其 DTDs Page中的第一个）。

比如这篇文章，你可以通过 Format: XML 看到或者直接看这里的 XML 结果有以下元素：

但根据 DTD，这些元素必须至少有一个嵌套元素：

问题：是我遗漏了什么，还是 Pubmed 创建的结果 XML 不符合他们自己的 DTD？