r - R 从列中逐行查询 Pubmed，并在另一列中返回所有结果 PMID

Question

我想生成一个如下所示的数据框；

在此处输入图像描述

因此，我有一个名为“查询”的列，其中包含要在 Pubmed 中搜索的关键字行。如果直接在 Pubmed 中搜索这些关键词，会产生 100 多个结果。我想检索“结果”列中结果的所有 PMID。目前我正在使用以下基于“easyPubMed”包的代码；

ids <- map(pmiddata[,"Query"],get_pubmed_ids)
for (i in 1:length(ids)) {
pmiddata[i,"Result"]<- paste(ids[[i]][["IdList"]],collapse = ",")
}

但是，此代码为每个查询检索最多 20 个结果。我读到“get_pubmed_ids()”函数只能返回 20 个结果。

任何人都可以为这个问题提出一个答案吗？

Answer 1

我假设你正在使用easyPubMed包。文档似乎表明最大 ID 检索为 20。也许您可以尝试使用RISmedpackage。EUtilsSummary允许使用retmax值来控制结果的数量。