问题标签 [ropensci]

我正在尝试从 github 安装一个包，但不断收到以下错误；

我猜 unzip 无权创建要解压缩到的目录，但我不知道将参数传递给 exdir 参数的方法。

这是我第一次从 github 安装，所以我可能遗漏了一些非常简单的东西。我确实尝试了其他包（ggplot2）并得到了同样的错误。

编辑：添加的结果来自sessionInfo()：

我已通过 renviron.site将我TMP的TMPDIR、 和设置为可写文件夹：TEMP

答：这是我想到的项目 - (weblink) schamberlain.github.com/2012/10/rgbif-newfxns/

B：这是他们的 GitHub - https://github.com/ropensci/rgbif

C：我的机器：i86-64bit，Windows 7，R. 2.15，RStudio 0.96.330

按照他们的指示，我执行以下操作：

a) 下载和安装 Rtools 2.15 (weblink) cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

这一步对我来说简直就是魔法，我只是按照“Windows 工具集”附录（网络链接）cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#The-Windows-toolset 中给出的说明进行操作。

最后，我的系统中有这个讨厌的 C:\Rtools 文件夹，并且 PATH 变量（不知道这是什么）设置为附录建议的（据我所知）。

b）在 R 中：库（devtools）

c) 在 R 中： install_github("rgbif", "ropensci")

这将产生一些通知输出并以此错误消息结尾（它是输出的 pastebin.com 片段）。

我不确定是否可以帮助提供所提供的信息。另外我觉得（a）和（b）之间缺少一些东西-b / c我在R中看不到包'Rtools'-也许这就是它应该是的，我应该怎么知道？

我应该添加：在我的默认库文件夹 .../Documents/R/win-library/2.15 之后，有一个解压缩的文件夹“ropensci-rgbif-60c74ca”，其中包含所有需要的文件！但我无法从 R 中访问它。

我是 r 的新手，并试图加载我的 api 令牌以访问 rnoaa 包。我有 API 令牌，只是不知道如何访问它。谁能解释如何使用 R 将我的 API 密钥加载到 rnoaa 中？谢谢！

我对 R 真的很陌生，我正在尝试使用rnoaa来提取信息。

我有一组两个日期：

• 2013 年 9 月 3 日至 30 日
• 2013 年 12 月 3 日至 31 日

我需要提取密歇根州安娜堡、康涅狄格州纽黑文和加利福尼亚州洛杉矶的每日天气值。我有这三个城市中每一个的车站 ID，它们分别是：USC00200230、US090004、US060013。

有人可以帮我提取每日最低温度、最高温度、湿度、降水和阳光的值吗？

到目前为止，我刚刚能够访问数据库：

我知道要获取信息，我必须输入以下格式的内容：

我只是不了解这个数据库的架构，因为我一直使用在线版本，而且我对 R 中的编码非常陌生。这方面的文档也非常稀少，所以我希望这里有人知道如何很好地使用rnoaa .

我最近一直在使用优秀的rplos包，它可以很容易地搜索托管在公共科学图书馆 (PLOS) API 上的论文。我遇到了一个障碍，因为 API 本身似乎缺少一些信息 - 一个主要问题是至少有 2012 篇关于 API 的论文在“期刊”字段中没有信息。我有每篇论文的 DOI，因此很容易通过 Google 搜索 DOI 并显示这些是发表在真实期刊上的真实论文，通常是 PLoS ONE。显然，这样做 2000 次是愚蠢的。

我想知道是否有人知道如何找到来源期刊，如果我有 DOI 列表？我查看了RISmed 包，它显然可以从 R 中搜索 PubMed，但我无法弄清楚如何让它提供有用的信息（只是搜索命中的数量，以及一些可能导致我想要的信息的 PubMed ID） .

有人知道如何将 DOI 列表转换为来源期刊名称吗？

编辑：我只是想到了另一个简单的解决方案。DOI 包含期刊名称的缩写，对于这种只有少数期刊的情况，可以使用正则表达式读取 DOI 并选择它们来自哪个期刊。示例：10.1371/期刊。pone .0046711 来自 PLoS ONE。

我正在尝试使用 将一些常用名称转换为科学名称taxize，但这些函数正在返回错误。

从帮助页面：

此外，sci2comm它不起作用：

他们不工作的任何原因？在R中获得科学名称的任何其他方式？

使用 knitr 将 .Rnw 文件转换为 .tex 文件时，我正在尝试将科学名称斜体化。运行时出现错误knit。这是我的 .Rnw 文件中包含的代码（运行需要taxize和stringr库）：

.tex 文件中的输出应该是：

如何在 .tex 文件中获得此输出？

有没有人听说过使用RCurl与httr用户使用代理时的问题？

我有这个包taxize，其中一些功能使用RCurl和一些使用httr。用户报告了两个不需要她传递代理详细信息的函数，这两个函数在RCurl内部使用。虽然某些功能在没有代理身份验证详细信息的情况下无法使用httr。在所有情况下，这些都是 GET 请求。

是否有可能以RCurl某种方式处理代理而无需她在需要时传递她的代理用户名、密码等httr？如果是这样，为什么会这样？

这个要点有 2 个显然需要代理身份验证详细信息和 2 个不需要的函数的示例。

我正在使用 R 的 ggplot 创建一个静态图并将其传递给 plot.ly 以创建一个交互式图。我的目标是将分类变量投影到颜色，将数值变量投影到大小。使用 R 的 [iris] 数据完美运行 - 就像这样：

https://plot.ly/~SyTpp/11/sepalwidth-vs-sepallength/

现在，我有自己的数据集，一个，...

当我只使用国家作为分类变量时，它也有效......

但是当我尝试将“总计”映射到标记的大小时

尽管“总计”显然是一个数值，但我收到了这个错误。

L$marker$size * marker.size.mult 中的错误：二进制运算符的非数字参数

问题是什么？有任何想法吗？

还有一件事（也许我需要在一个单独的问题中问这个问题）：如何自定义悬停时出现的小弹出框？

非常感谢！

我正在尝试使用 R 中的rnoaa包下载一些网格化的 ERDDAP 数据。虽然数据检索对于某些数据集非常有效，但我在获取某些数据集的数据时遇到了一些问题。例如，当我运行时：

我收到以下错误：

该错误并不是真正一致的，因为它有时会在我尝试不同的时间跨度时起作用。但我几乎每次尝试从数据集下载数据时都得到它noaa_pfeg_95de_54ab_a60a，noaa_pfeg_1a4b_0c2a_2365还有一些来自NOAA-NCDC的数据。

因为erddap_grid适用于某些数据集但不适用于其他数据集，所以我倾向于认为这不是错误。也许这是 ERDDAP 服务器的问题？或者可能与我的 API 密钥有关？有办法解决吗？

更新 - 2015-01-10：这似乎是服务器的问题。当尝试使用 Web 界面生成的地址（见下文）下载数据时，我得到了同样的错误。我想我只需要等到“他们”解决数据库问题。