问题标签 [ropensci]

I am collecting author's information and article information for a search term in PubMed. I am getting author name, publication year and other information successfully using entrez_fetch in rentrez package. Following is my example code:

Despite getting all the information I needed, I am having an issue in figuring out which authors are for which PMID. It is because length of authors are different for each PMID. For example, if I parsed author information for 100 articles as in my code, I get more than 100 authors name and I can not associate it with respective PMID. Overall, I would like to have an output data frame like this:

So this way, I would know which are authors are associated with which PMID and it useful for further analysis.

Just for the note, this is a small example of my code. I am collecting more information using XML parsing via entrez_fetch in rentrez package.

This problem is really bugging me and I would really appreciate any help or guidance. Thank you for your efforts and help in advance.

我不是XML专家。XML使用 . 解析文件时遇到问题rentrez。我试图将每个 pmid（PubMed 数据库中的文章 ID）的作者和隶属关系作为输出。我的代码运行良好，除非作者有多个从属关系。当作者有多个从属关系时，列的长度first_names、、 last_names和affiliation变得不同，它会返回错误。我真的没有 xml 解析方面的专业知识来处理这个问题。我严格期待如下结果：

entrez_fetch 返回的示例 XML 文件的结构如下：

以下是我正在使用的代码，它运行良好，除非 PubMed 数据库中一篇文章的作者有多个隶属关系：

非常感谢任何帮助和支持。

上面的代码是从https://rstudio.github.io/leaflet/choropleths.html复制而来的。

我正在尝试重现输出。但是，我陷入了第一步 - 下载 geojson 文件。我使用了第一行中显示的链接，并将其保存为文本文件，然后将其重命名为 geojson 文件。但我没能读到那个文件。文件下载或加载到 R 显然有问题，但我不知道它在哪里。

有人可以给出任何指示吗？我以前从未处理过 geojson 数据。我只需要前两行代码的帮助，我可以自己处理所有其他代码。

上面的代码是从https://rstudio.github.io/leaflet/json.html复制过来的。

我知道如何根据代码中的要求下载纽约州县数据。（或者换句话说，如何生成 nycounties.geojson 文件）

我在前两条评论中浏览了这两个网站，但未能从美国的整个数据中对纽约州的数据进行子集化。

我希望将闪亮的输出高度和宽度调整为当前窗口大小。我尝试使用以下但没有用。

您是否知道可能在服务器功能中使用任何其他选项而不是上述 UI 功能用法？

小窗口：

扩展窗口：

我想尝试 ROpenSci 的矿工Minecraft API，但无法从 R 连接到服务器。我确信这是网络问题，而不是 R 或 Minecraft 问题，但我在这方面没有任何经验.

我已经按照这些说明在我的Arch机器上安装了小插曲，并且可以成功启动服务器并使用 Minecraft 客户端连接到它。

但是，当我尝试通过 RI 连接时，却无法这样做。这就是我得到的：

我还尝试了“localhost”并添加了 server-ip=127.0.0.1

这看起来很有趣，所以弄清楚我做错了什么会很酷。

如果有帮助，这是我的 server.properties 文件：

我正在使用 ggplotly 对象在闪亮的仪表板中可视化散点图。我有一个使用列值着色的图。但是，当我想查看情节的某个部分时，我会放大以了解更多关于这些点的信息。然后图例标签应根据可见窗口或选定/选择区域中存在的点进行调整。

例如，我在下面有一个包含完整数据的散点图，该cut列有五个不同的值。

输出：

当我选择绘图的一个窗口时，上面的绘图中没有相关Fair的点Good。如何在图例标签中避免它们？如何调整/更新所选区域的标签（示例，如下所示）？这应该使用闪亮的反应特性来处理吗？

I apologize if this question has been asked with terminology I don't recognize but it doesn't appear to be.

I am using the function comm2sci in the library taxize to search for the scientific names for a database of over 120,000 rows of common names. Here is a subset of 10:

When searching with the NCBI database in this function, it asks for user input if the common name is generic/general and not species specific, for example the following call will ask for clarification for "AARDVARK" by entering '1', '2' or 'return' for 'NA'.

Because of this, I cannot rely on this function to find the names of the 120000 species without me sitting and entering 'return' every few minutes. I know this question sounds taxize specific - but I've had this situation in the past with other functions as well. My question is: is there a general way to place the comm2sci call in a conditional statement that will return a specific value when user input is prompted? Or otherwise write a function that will return some input when prompted?

All searches related to this tell me how to ask for user input but not how to override user queries. These are two of the question threads I've found, but I can't seem to apply them to my situation: Make R wait for console input?, Switch R script from non-interactive to interactive

I hope this was clear. Thank you very much for your time!

我想nearPoints使用点击事件中的数据来获取。

我从Shiny 网页中找到了以下代码段，它按预期工作得很好。

我试图模仿上述方法来nearPoints使用点击事件数据识别 Plotly 图中的 。但是，它没有用。

关于如何将坐标信息传递给情节图的任何想法？

我在闪亮的仪表板上有两个情节。当我点击第一个情节图时，交互式事件工作正常。但是当我在第二个图（堆叠条形图）上执行相同的操作时，窗口会自动关闭。

您是否遇到过带有多个情节的闪亮仪表板？如果是，如何处理不同情节图上的点击事件？

我正在准备可重现的用例。很快我会发布它。

上面的代码产生：

如何避免上图中的可用错误？绘图输出区域中的文本打印。

第一个图用于迭代点击事件。当我单击一个点时y=1，它会产生第二个图

但是当我单击堆叠条时，第二个图丢失（在我的原始场景中，窗口关闭且不可见。要使用该应用程序，我需要重新运行该应用程序）。

如何接收点击事件并检查它是来自第一个情节还是第二个情节？