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我最近一直在使用优秀的rplos包，它可以很容易地搜索托管在公共科学图书馆 (PLOS) API 上的论文。我遇到了一个障碍，因为 API 本身似乎缺少一些信息 - 一个主要问题是至少有 2012 篇关于 API 的论文在“期刊”字段中没有信息。我有每篇论文的 DOI，因此很容易通过 Google 搜索 DOI 并显示这些是发表在真实期刊上的真实论文，通常是 PLoS ONE。显然，这样做 2000 次是愚蠢的。

我想知道是否有人知道如何找到来源期刊，如果我有 DOI 列表？我查看了RISmed 包，它显然可以从 R 中搜索 PubMed，但我无法弄清楚如何让它提供有用的信息（只是搜索命中的数量，以及一些可能导致我想要的信息的 PubMed ID） .

有人知道如何将 DOI 列表转换为来源期刊名称吗？

编辑：我只是想到了另一个简单的解决方案。DOI 包含期刊名称的缩写，对于这种只有少数期刊的情况，可以使用正则表达式读取 DOI 并选择它们来自哪个期刊。示例：10.1371/期刊。pone .0046711 来自 PLoS ONE。

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这是基于 Thomas 建议尝试 rpubmed 的答案。它从有问题的 DOI 列表开始，使用 RISmed 中的 EUtilsSummary 函数找到匹配的 PubMed ID 编号，然后使用从Github 为 rpubmed修改并在下面复制的代码获取与这些相关的期刊数据。很抱歉编辑了 rpubmed 代码，但第 44 行的对象似乎没有定义或必不可少，所以我把它们拿出来了。

library(RCurl); library(XML); library(RISmed); library(multicore)

# dummy list of 5 DOIs. I actually have 2012, hence all the multicoring below
dois <- c("10.1371/journal.pone.0046711", "10.1371/journal.pone.0046681", "10.1371/journal.pone.0046643", "10.1371/journal.pone.0041465", "10.1371/journal.pone.0044562")

# Get the PubMed IDs
res <- mclapply(1:length(dois), function(x) EUtilsSummary(dois[x]))
ids<-sapply(res,QueryId)


######## rpubmed functions from https://github.com/rOpenHealth/rpubmed/blob/master/R/rpubmed_fetch.R
fetch_in_chunks <- function(ids, chunk_size = 500, delay = 0, ...){
  Sys.sleep(delay * 3600) # Wait for appropriate time for the server.
  chunks <- chunker(ids, chunk_size)
  Reduce(append, lapply(chunks, function(x) pubmed_fetch(x, ...)))
}

pubmed_fetch <- function(ids, file_format = "xml", as_r_object = TRUE, ...){

  args <- c(id = paste(ids, collapse = ","), db = "pubmed", rettype = file_format, ...)

  url_args <- paste(paste(names(args), args, sep="="), collapse = "&")
  base_url <- "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=full"
  url_string <- paste(base_url, url_args, sep = "&")
  records <- getURL(url_string)
  #NCBI limits requests to three per second
  Sys.sleep(0.33)
  if(as_r_object){
    return(xmlToList(xmlTreeParse(records, useInternalNodes = TRUE)))
  } else return(records)
}

chunker <- function(v, chunk_size){
  split(v, ceiling(seq_along(v)/chunk_size))
}
###### End of rpubmed functions

d<-fetch_in_chunks(ids)
j<-character(0)
for(i in 1:2012) j[i]<-as.character(d[[i]][[1]][[5]][[1]][[3]]) # the tortuous path to the journal name
于 2014-03-09T05:34:32.933 回答
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这是 rplos 的创造者...

查看软件包随附的数据集，该数据集plosfields为您提供可以搜索并返回的字段

library(rplos)
head(plosfields)

            field                     description                           note
1              id DOI (Digital Object Identifier) Extended for partial documents
2      everything         All text in the article      Includes Meta information
3           title                   Article Title                        no note
4   title_display                   Article Title      For display purposes only
5 alternate_title               Alternative Title                        no note
6          author                          Author       Can have multiple values

期刊名称感兴趣的两个字段是journal和cross_published_journal_key。例如，

searchplos('science', 'id,publication_date,cross_published_journal_key,journal', limit = 2)

                            id cross_published_journal_key      journal     publication_date
1 10.1371/journal.pbio.0020122                 PLoSBiology PLoS Biology 2004-04-13T00:00:00Z
2 10.1371/journal.pbio.1001166                 PLoSBiology PLoS Biology 2011-10-04T00:00:00Z

这是做你想做的吗？

从 DOI 获取更多信息方面rmetadata正在开发中，但可能有用。此外，我们正在为 Crossref 开发一个包，rcrossref. （https://github.com/ropensci/rcrossref） - 但似乎上面的内容更容易实现您想要的，获得期刊名称。

于 2014-03-08T16:03:39.313 回答
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这是我的解决方案，可用于 for 循环或其他方法从 DOI 中提取标题：

library(RISmed)
data(myeloma)
ArticleId(myeloma)
res <- EUtilsSummary(ArticleId(myeloma)[10])
fetch <- EUtilsGet(res, type = "efetch", db = "pubmed")
fetch@Title

希望能帮助到你！

于 2018-10-30T15:03:11.453 回答