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我正在尝试使用 RISmed 包从 PubMed 科学数据库中提取数据。我以前使用过完全相同的程序,但现在我无法让它工作。下面的示例是一个玩具示例。

图书馆(RISmed)

res <- EUtilsSummary("pinkeye", type="esearch", db="pubmed", datetype='pdat', mindate=2000, maxdate=2015, retmax=500)

文件中的错误(con,“r”):无法打开连接

查询计数(res)

QueryCount(res) 中的错误:找不到对象“res”

'QueryCount(res)' 应该返回使用查询找到的命中数,但由于它没有找到连接,所以它没有找到任何命中。

检查了R 是否有互联网连接,看起来确实如此;我的mac似乎也没有任何问题。还有其他人也收到此错误吗?你知道怎么解决吗?

非常感谢您的帮助!

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您可以在代码中添加一行Sys.sleep(0.1)以在发送下一个搜索请求之前暂停 0.1 秒。它对我有用。

于 2018-12-31T04:50:11.363 回答
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更新软件包并重新启动 R 就成功了!

我之前尝试过多次更新软件包,但忘记重新启动 R。

谢谢!

于 2017-02-03T12:40:14.723 回答