问题标签 [glmnet]

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r - R:glmnet - 考克斯错误

我正在使用 glmnet 运行 coxph 模型。以下是我正在使用的代码:

但是,我收到以下错误:

但我没有在我的数据中看到任何负面事件时间。

任何帮助是极大的赞赏!

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r - 在 R 中运行 glmnet 包,得到错误“需要 TRUE/FALSE 的缺失值”,可能是由于缺失值?

我正在尝试使用glmnet包中的glmnet来运行 LASSO 回归。

我正在使用以下命令:

我得到了错误:

a是一个矩阵,有数值。 b是一个以因子为值的向量。

但是,b有一些缺失值。我怀疑这可能是导致错误的原因。NA但是,我在 glmnet 文档中没有看到排除 s 的选项。

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r - CRAN 的 glmnet 版本 1.9-8 不支持 predict.cv.glmnet 尽管文档另有说明

我在我的 Mac(OS X 版本 10.9.4)上安装了 R 的glmnet包的 1.9-8 版本,并且我使用的是 RStudio 版本 0.98.1091。尝试运行该函数时,在导入glmnet后出现predict.cv.glmnet以下错误:library(glmnet)

但是,我确信glmnet包支持此功能,因为 1)它存在于帮助文件中,并且 2)它存在于包的参考手册中。

任何帮助将不胜感激!

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r - R 度量 auc() 错误消息

我正在尝试计算auc但有一个奇怪的问题。当我运行这个脚本时:

我得到:

当我再添加一行并运行时:

我得到:

知道这里发生了什么吗?

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r - 在 R 上达到 max.print

我刚刚在 R 的 glmnet 中找到了一堆我想在 glmnet 中使用的天气数据。首先我一直在阅读和组织 R 中的数据,现在我只是想查看每个变量的原始数据. 不幸的是,每个变量都有很多数据,R 无法全部打印出来。有没有办法可以查看 R 中的所有原始数据或仅在文件本身中查看?我试过用excel打开文件没有成功。谢谢!

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r - 预测glmnet中概率的函数错误?

我正在尝试使用glmnet. 我的代码如下:

使用预测时,我不断收到此错误消息:

as.matrix(cbind2(1, newx) %*% nbeta) 中的错误:在为函数“as.matrix”选择方法时评估参数“x”时出错:t(.Call(Csparse_dense_crossprod, y, t) 中的错误(x))):在为函数“t”选择方法时评估参数“x”时出错:错误:文件 ../MatrixOps/cholmod_sdmult.c 中的 Cholmod 错误“X 和/或 Y 尺寸错误”行90

我已经在“Hitters”数据集上尝试过这个,它工作得很好。

有谁知道我该如何解决这个问题?

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r - glmnet的公式接口

在过去的几个月里,我参与了许多项目,我使用该glmnet软件包来拟合弹性网络模型。这很棒,但与大多数 R 建模功能相比,界面相当简单。特别是,您必须给出响应向量和预测矩阵,而不是指定公式和数据框。您还失去了常规界面提供的许多生活质量方面的东西,例如对因素的明智 (?) 处理、缺失值、将变量按正确顺序排列等。

所以我通常最终编写了自己的代码来重新创建公式/数据框接口。由于客户保密问题,我最终也留下了这段代码,不得不为下一个项目重新编写它。我想我不妨硬着头皮创建一个实际的包来做到这一点。但是,在我这样做之前有几个问题:

  • 使用带有弹性网络模型的公式/数据框接口是否存在任何复杂的问题?(我知道标准化和虚拟变量,宽数据集可能需要稀疏模型矩阵。)
  • 是否有任何现有的软件包可以做到这一点?
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r - S3 类绘图方法与包方法冲突

我有一组 R 脚本,它们定义了一个 S3 类,该类使用不同的方法、模型类型和成本函数搜索大型协变量空间。为了可视化搜索的进度,我定义了一些特定于类的绘图方法,并使用方法调度来确保类看到正确的函数。具体来说,我将绘图方法定义为plot.fs_forward_model等。我还有一个文件,其中方法调度函数定义为,例如,plot = function(x, ...) UseMethod('plot', x)

这一切都很好,我的一组课程以这种方式工作得很好。但是,当我使用 glmnet 并且想要创建套索结果图时,我收到了一个似乎源于我的方法调度行的错误。回溯看起来像这样:

第 1 行是我调用 glmnet 来绘制 glmnet 对象的调用,即llr=glmnet(x, y, family='gaussian')

非常感谢任何有关如何确保我的方法调度不会干扰其他包的提示。

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r - cv.glmnet 有阶梯函数或方法吗?

可以对来自家庭的响应执行glm带有逻辑链接函数的模型拟合,binomial然后可以应用step函数来根据信息标准(如 AIC 或 BIC)提取解释特征的最佳子集。

cv.glmnet有没有人为函数或包glmnet的输出模型执行过这样的过程glmnet?您能否建议如何重现常规glm模型和cv.glmnet模型中使用的相同方法?

下面的这个看起来不起作用:

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r - `[<-`(`*tmp*`, , 下标超出范围 下标超出范围) 中的错误

在下面的代码中,我试图创建一个矩阵来列出每个城市的 opt.lam。运行循环后,前两个城市总是工作,然后我得到任何城市的错误。

这是我得到的错误。(coefmatrix 工作正常,它只是产生此错误的 lambdamatrix)。

[<-( *tmp*, , i, value = c(0.577199381062121, 0.577199381062121, : 下标越界) 中的错误

这是我的代码: