问题标签 [ggdendro]

我的任务是创建树状图，但叶节点显示钝边。我将如何扩展叶节点的长度并添加节点标签？

请参阅下面的当前和预期图像。

数据：

代码：

当前情节：

预期剧情：

我有这个树状图的代码。如何减小树状图（或 y 轴）的大小？

我以这段代码为例。在我的数据集中，我有很大的标签，所以我没有足够的空间来包含它。出于这个原因，我想减少用于 y 轴的空间，减少 0 到 150 之间的距离。另外，当我将图形保存为 tiff 时，大部分图形是树状图，我看不清标签。

如何减小与此热图相似的树状图的大小？

_{（来源：r-graph-gallery.com）}

非常感谢

目标：我想在为同一数据集创建的 2 个树状图中保留标签颜色和图例颜色。

我有相同的数据集（40 个观察值），它在 2 个过程（预过滤和过滤）中转换为树状图。但是，标签颜色会根据它的聚类方式而改变（因此树状图中的标签顺序也会改变）。

这是一个代码片段：

d1_dendogram d2_dendogram

基于上面的代码片段，这是我想要实现的两件事

1. 两个树状图的颜色图例应相同（在附加图像中，Valiant 模型在 d1_dendogram 中为绿色，但在 d2_dendogram 中为紫色）
2. 我想用与图例相同的颜色对叶子标签进行颜色编码

提前致谢。

我正在尝试使用 dendextra 和 ggdendro 构建一个缠结图，但我无法根据缠结图中的类别列为节点着色。请指教。

我正在ggdendro根据树枝中的切点创建树状图并为其着色。我在这个问题中使用了@jlhoward 提供的方法（使用 ggplot2 在 Dendogram 中着色集群）但是当我的叶子标签很长时我遇到了问题。

这是一些示例代码：

如您所见，这里的标签被切断了。我找到了这个答案（减少树状图（或 y 轴）ggplot 的大小），但我不想使用它，因为我非常喜欢使用它cutree来定义我的集群的能力。如何操作上述代码以适应长标签？非常感谢！

我有一个系统发育树：

然后我将其转换为一个ggdend对象：

我想绘制my.dend使用ggplot2并添加到叶子饼图中。

这是data.frame描述每片叶子的饼图：

我认为结合使用 's 的my.dend绘图labels.df可以scatterpie工作geom_scatterpie。

所以我这样做：

这使：

如果添加+coord_flip()到末尾：

馅饼不会变形，但树会翻转成垂直 - 根部朝下：

知道如何使馅饼不变形并且树与左侧的根水平对齐吗？

我有一个树状图，我想把它切成更少的簇，因为我知道有太多的解释。我的数据框如下所示：

alphacut <- cutree(alpha.dendro, h=3)

cutree(alpha.dendro, h = 3) 中的错误：

“树”不正确（组合“合并”）

alphacut <- cutree(as.dendrogram(hclust(d = dist(x = alpha.matrix), method="complete" )), k=5)

cutree(as.dendrogram(hclust(d = dist(x = alpha.matrix), method = "complete")) 中的错误：

“树”不正确（组合“合并”）

我还没有找到解决方案。当我查看“alpha.dendro”时，有一个 2 列表但没有合并组件，所以这似乎是问题所在。有人知道该怎么做吗？

我正在使用 ggdendrogram 来构建基于 Jaccard 矩阵的树状图。有没有办法将距离刻度从 0 - 1 反转为 1 - 0 并使用 ggdendrogram 在距离刻度下添加文本？干杯。

我有一个使用 pacakge 的简单气球图ggpballoonplot：

我想知道是否可以添加树状图并根据它组织气球图？我知道你可以做类似的事情，corrplot如：Dendrogram with Corrplot (R)但是很难将它应用到ggballoonplot函数中？

最小的示例和包文档（https://rlbarter.github.io/superheat/）：

我想实现两件事：

• 根据集群颜色分支（我必须确定 k 个集群）或在“选择的”集群顶部添加矩形。
• 我也很想提取相同的树状图并将其应用于不同的数据集（具有相同的变量）。

我相信树状图是使用ggdendro创建的（如果有帮助的话）。

因此，这些是我想要实现的示例：