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我有一个系统发育树：

my.tree <- ape::read.tree(text = "((rat:0.06290316531,mouse:0.06094803666):0.05175420892,human:0.09883650566);")

然后我将其转换为一个ggdend对象：

library(dplyr)
my.dend <- phylogram::as.dendrogram.phylo(my.tree) %>%
  dendextend::hang.dendrogram() %>%
  dendextend::hang.dendrogram(hang = -1) %>%
  dendextend::as.ggdend()

我想绘制my.dend使用ggplot2并添加到叶子饼图中。

这是data.frame描述每片叶子的饼图：

set.seed(1)
labels.df <- data.frame(label = c("human","mouse","rat"),t(apply(matrix(runif(9,0,1),3,3),1,function(x) x/sum(x))),check.names = F) %>%
  dplyr::left_join(my.dend$labels %>% dplyr::select(x,y,label))

我认为结合使用 's 的my.dend绘图labels.df可以scatterpie工作geom_scatterpie。

所以我这样做：

library(ggplot2)
library(scatterpie)

ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+
  theme(axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())+
  geom_scatterpie(aes(x=x,y=y+0.05),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))

这使：

在此处输入图像描述

如果添加+coord_flip()到末尾：

ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+
  theme(axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())+
  geom_scatterpie(aes(x=x,y=y+0.05),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()

馅饼不会变形，但树会翻转成垂直 - 根部朝下： 在此处输入图像描述

知道如何使馅饼不变形并且树与左侧的根水平对齐吗？

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1 回答 1

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看起来它会更容易绘制系统发育scatterpie，然后将它们组合起来：

数据：

my.tree <- ape::read.tree(text = "((rat:0.06290316531,mouse:0.06094803666):0.05175420892,human:0.09883650566);")

library(dplyr)
my.dend <- phylogram::as.dendrogram.phylo(my.tree) %>%
  dendextend::hang.dendrogram() %>%
  dendextend::hang.dendrogram(hang = -1) %>%
  dendextend::as.ggdend()

set.seed(1)
labels.df <- data.frame(label = c("human","mouse","rat"),t(apply(matrix(runif(9,0,1),3,3),1,function(x) x/sum(x))),check.names = F) %>%
  dplyr::left_join(my.dend$labels %>% dplyr::select(x,y,label))

library(ggplot2)
library(scatterpie)

情节：

my.dend <- ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+theme_void()
my.scatterpie <- ggplot()+geom_scatterpie(aes(x=y,y=x,r=0.1),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()+labs(x="",y="",fill="Cluster")+theme_minimal()+theme_void()

gridExtra::grid.arrange(grobs=list(my.dend,my.scatterpie),ncol=2,nrow=1)

我们得到：

在此处输入图像描述

如果有人可以添加的话，能够缩小将树与馅饼分开的一些空间会很好。

于 2019-04-17T18:12:40.283 回答