r - 如何在树状图中扩展叶节点的长度并添加节点标签

Question

我的任务是创建树状图，但叶节点显示钝边。我将如何扩展叶节点的长度并添加节点标签？

请参阅下面的当前和预期图像。

数据：

df1 <- data.frame( z1 = c(rep('P1', 5), rep('P2', 5), rep('P3', 3), rep('P4', 4)),
                   z2 = c(letters[1:5], letters[6:10], letters[11:13], letters[14:17]),
                   stringsAsFactors = FALSE)

代码：

library('data.table')
library('ggplot2')
library('ggdendro')
library('grid')

setDT(df1)
ddata <- dcast( data = df1[, .(z1, z2)],
                formula = z2 ~ z1, 
                fill = 0, 
                fun.aggregate = length, 
                value.var = 'z2')
setDF( ddata)
row.names(ddata) <- ddata$z2
ddata$z2 <- NULL
ddata <- dendro_data( as.dendrogram( hclust( dist( ddata), method = "average")))
p <- ggplot(segment(ddata)) + 
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend)) + 
  theme_dendro()
print(p)

当前情节：

预期剧情：

Answer 1

有几种方法可以做到这一点，最简单的可能是在树状图的节点上递归地应用一个函数，使用dendrapply.

如果插入新行来分配树状图对象：

dendro <-  as.dendrogram(hclust(dist(ddata), method = "average"))

然后创建一个简单的函数，将叶节点的高度减少给定的数量（d）：

dropleaf <- function(x, d = 1){
  if(is.leaf(x)) attr(x, "height") <- attr(x, "height") - d
  return(x)
}

该函数可以应用于所有节点，如下所示：

dendro <- dendrapply(dendro, dropleaf, d = 0.2)

如果您打算绘制轴，您可以重新缩放绘图，以便使用以下方法将最低点重置为零：

dendro <- phylogram::reposition(dendro, shift = "reset")

然后，您可以继续使用其余代码..

ddata <- dendro_data(dendro)
p <- ggplot(segment(ddata)) + 
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend)) + 
  theme_dendro()
print(p)

产生以下输出：