问题标签 [ggdendro]

我正在使用此链接根据类别绘制带有彩色标签的漂亮树状图。第二个答案是我在这个链接中看到的（Tree cut and Rectangles around clusters for a Horizo​​ntal dendrogram in R），它使用下面的代码：

我想剪掉一些集群，因为我有 16 个集群，有 145 个标签，这样我就只能查看几个集群，因为我只想聚焦/剪切/放大其中几个。有什么办法吗这个在 hclust 对象上。这只是为了有一个很好的可视化效果，因为这个数字有 145 个标签。因为我想根据标签着色，我认为 ggdendro 非常适合。

例如在此链接中，如果您查看 3)放大树状图 http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html

当我使用大包 ggdendro 绘制我的树时，我遇到了一个问题：有一天，它生成的树的所有标签突然都消失了。

当我在本地机器和服务器中运行以下代码时，我得到不同的结果。本地机器中没有标签，服务器版本中确实存在标签。

服务器版本（确定）：

本地 Windows 7 版本（无标签）：

我还打印了会话信息以供参考。

输入比较（相同） ：

在此图中，主要信息（大多数节点）位于最左侧。

我想让树状图易于阅读，因此边缘应该成比例地长。要使用的任何具体参数还是只是数据的问题？

我正在尝试使用包 dendextend 创建一个树状图。它创建了非常好的 gg 树状图，但不幸的是，当你把它变成一个“圆圈”时，标签跟不上。我将在下面提供一个示例。

我的距离对象在这里：http ://speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS

这基本上给了我这样的形象： 太棒了。但是，我想把它变成一个圆圈，所以使用：

我在下面得到这张图。这正是我想要的，但我只需要旋转标签。

任何帮助表示赞赏。我知道在后台dendextend 基本上是创建一些data.frames，然后调用geom_segment()它们geom_text()来创建树状图和标签。我相信我可以按如下方式公开关联的 data.frame：

另一种策略可能是ggplot(labels = FALSE...)在绘图时使用，然后以geom_text()某种方式手动添加，以保留颜色但允许我使用geom_text(angle = ).

我还怀疑各种 ggplot 魔法的某种组合可以让我再次拍摄back.df2和创建第一个和第二个图，而且还可以控制标签的角度。但是，我不知道该怎么做，并且已经使用 dendextend 包构建了很多东西，并且理想情况下希望避免使用任何新包来创建树状图对象，因为我真的很喜欢标签之外的东西！

解决方案

我基于下面 Richard Telford 的解决方案。我首先创建了ggplot.ggdend(). 这与以下答案中提供的相同。接下来我创建了一个函数来自动创建角度和调整向量，以便标签旋转从 6 点钟方向切换到 12 点钟方向以提高可读性。

然后我使用以下代码制作了情节：

这最终产生了这个最终情节！

（我更改了数据中的一些内容，因此图中的某些顺序可能会有所不同）

我已经使用 R 的 ggdendro 包生成了一个树状图，但我无法为标签和分支着色。我想根据我的情况给它k上色k=8。我该怎么做？下面是我生成的树状图：

第二张图是我想要的。问题在于它没有 y 轴的刻度。

我想通过使用 ggplot2 创建一个漂亮的树状图。

这是我正在做的一个可重复的例子：

这是结果

我想扩展矩形，使其覆盖 x 轴。例如，如果我改变，

至

然后我得到这个

这就是我想要获得的（这个结果是用 Photoshop 改变的）

非常欢迎任何帮助。预先非常感谢。

这个想法是结合 R 包ClustOfVar并ggdendro给出变量聚类的可视化总结。

当数据中的列数很少时，除了有没有覆盖的区域（如下图圈出）之外，结果都很好。使用mtcars例如：

当有大量列时，会出现另一个问题。即，彩砖部分的高度与树状图的高度不匹配。

如果我们将 R 升级到 3.3.1 版， @Sandy Muspratt 实际上已经为此提供了一个很好的解决方案。R: ggplot 微调聚类总结

但由于我无法更改部署在企业服务器中的 R 版本，我想知道是否有任何其他解决方法可以使这两个部分保持一致。

好的，所以我确定以前有人问过这个问题，但是经过数小时的搜索后，我在任何地方都找不到好的答案。

我有一些数据，我进行分类，然后制作树状图。

问题与美学有关，特别是；（1）如何根据组的数量进行切割（在这个例子中我想要3个），（2）使组标签与树的分支对齐，（2）重新缩放以便没有任何巨大组间差距

更多关于 (3)。我的数据集物种非常丰富，大约有 1000 个组没有切割。如果我在 3 处切割，这棵树的右侧有一些树枝，右侧有一“英里”，我想重新缩放以使其更接近。所有这一切都可以通过外部程序实现，但我想在 r 中完成这一切！

5. 如果您可以将平均轮廓宽度图嵌套在该图的右上角，则可以加分

这是使用虹膜数据的示例

我正在尝试dendrogram使用大量节点绘制 aggdendrogram并且它非常慢（与dendextend例如相比）：

有什么办法可以加快速度使其与dendextend' 情节的速度相媲美？

另外，无论我指定rotate=T还是

我得到指向左侧的树状图：

但我希望它指向正确。知道如何让它工作吗？

Objective: Create a dendrogram with branches colored by a factor variable with the resultant plot containing a legend to translate the branch colors to each factor variable value.

I have some data with factor variables followed by the numeric data that I am creating a dendrogram with:

The data dimensions are: 161 x 60,739. With this data I have achieved a dendrogram with colored branches but no legend, and a dendrogram with colored labels (not branches) with a legend. I would like to combine the two.

Create dendrogram with colored branches but no legend:

Create dendrogram with colored labels (not branches) and a legend:

Examples of the respective outputs: Colored branches; Colored labels with legend.

Any help is appreciated. Thanks!