r - 树状图中等间距的长度

Question

在此图中，主要信息（大多数节点）位于最左侧。

我想让树状图易于阅读，因此边缘应该成比例地长。要使用的任何具体参数还是只是数据的问题？

Answer 1

包ape有一个选项可以绘制没有边长的树（或树状图）。

library(ape)

# calculate dendrogram from sample data
data(carnivora)

tr <- hclust(dist(carnivora[1:20,6:15]))

# convert dendrogram from class 'hclust' to 'phylo'
tr <- as.phylo(tr)

# plot, use par(mfrow=c(1,3)) to display side by side
plot(tr)
plot(tr, use.edge.length = FALSE)
plot(tr, use.edge.length = FALSE, node.depth = 2)

这将调用plot.phylo函数，使您能够操纵树状图的外观。为了提高标签的易读性，您可能需要修改plot影响字体大小 ( cex = 0.7) 或标签偏移量 ( label.offset = 0.5) 的设置。