r - R（包过热） - 向树状图中添加颜色（或矩形）

Question

最小的示例和包文档（https://rlbarter.github.io/superheat/）：

library(superheat)
superheat(mtcars,
          # scale the matrix columns
          scale = TRUE,
          left.label = "none",
          # add row dendrogram
          col.dendrogram = TRUE, 
          legend=F,
          )

我想实现两件事：

• 根据集群颜色分支（我必须确定 k 个集群）或在“选择的”集群顶部添加矩形。
• 我也很想提取相同的树状图并将其应用于不同的数据集（具有相同的变量）。

我相信树状图是使用ggdendro创建的（如果有帮助的话）。

因此，这些是我想要实现的示例：

Answer 1

ggdendro 包不支持分支颜色，一般情况下不再支持。它被dendextend 包（其中包括支持分支颜色、lwd 和lty 的ggdend 对象）取代。您可以使用 dendextend 准备您的树状图，并将它们输入到 gplots 中的 heatmap.2 函数中。或者，您可以查看 heatmaply 包。

祝你好运。