问题标签 [genetics]

我正在尝试使用 {pegas} 的 haploNet 函数来绘制单倍型网络，但我无法将来自不同群体的相同单倍型放在同一个饼图中。我可以使用以下脚本构建单倍型网络：

我想在 dnabin 数据中设置每个分类群的原始种群的标签，所以我可以在结果网络中拥有不同颜色的饼图（来自不同种群的单倍型）。我还想删除生成的单倍型网络中的重叠圆圈。

谢谢你的帮助！

一个例子：

该脚本用于使用 {pegas} 构建单倍型网络。较大的圆圈代表某种类型的更多单倍型。我想知道如何在 dnabin 矩阵中设置单倍型的起源，以便它们在网络中以不同的颜色出现。

这是从特定区域获取 VCF 文件的代码，tabix然后使用 vcftools 中的“保留”选项过滤特定（欧洲）人口。

问题：它创建了 recode.vcf 文件，但是由于 temp2 文件为空，因此没有发生重定向

我想准备我的数据集以在 Plink 程序中进行分析，但我不知道如何创建 MAP 和 PED 文件。

我知道我可以在 R 中创建 PED 文件，但是如何在 R 中创建 MAP 文件？

有人可以帮我弄这个吗？

谢谢

要找到跨 SNP 的基因型频率，我需要找到某个基因型（XX、YX 或 YY）在样本总数（XX、YX 和 YY）中的比例。我想我需要开始我的 dplyr 声明

但我不知道如何完成它。下面提供的数据 dat 和底部的 dput。

我可以使用跨 SNP 的 for 循环来获得我正在寻找的每个基因型的布尔模式，但这会非常冗长。

你明白了。我将如何在 dplyr 中执行此操作？整个对象如下。

如何.sif (simple interaction)从仅包含基因表达值和基因名称的基因微阵列表达 .tab 文件生成文件？我使用 Expander 软件和 MeV 并想为Cytoscape and Spike software. 是否有任何 R 包或特定的插件或软件用于此目的？

我可以根据预先计算的基因之间的相关性手动编写 .sif 文件：

但是，不知道如何使用其他指标自动生成它。

谢谢

我正在寻找一种方法来查找 python 中两个字符串之间的不匹配总数。我的输入是一个看起来像这样的列表

对于每个字符串，我想看看它与序列有多少不同"sequence=AGATAA"。因此，如果输入[0]来自上面的列表，则输出将如下所示：

我不知道是否将每个字母拆分为单独的列表，或者我是否应该尝试以某种方式比较整个字符串。任何帮助都是有用的，谢谢

我正在学习处理 VCF（变体调用文件）以生成图表和报告。这是 R 代码，由于我未知的原因而崩溃。请告知如何修复它并告诉适当的教程。

我是 R 编程的新手，我正在尝试为 Reverse and Complementary Base 编写一个程序。目的是设计 DNA 引物。所以我有一个 DNA 序列，其碱基为 ATCG 和 A 与 T 互补；T=A；C=G；G=C。我已经想出了如何反转它，但是对于补码，我只能让它回答 1 个碱基但不能是所有序列，而且我不知道如何组合反转和补码功能。这是我的代码，我完全对它感到困惑。有人可以帮我解决这个问题吗？你会是我的救命恩人！

我有一个如下所示的数据文件：

在“。”的情况下 在第二列中，我想将其替换为第 1 列和第 4 列的合并输出，如下所示：

我一直在尝试使用 if/then 语句来做到这一点......但我知道我的语法错误，我只是不确定有多么错误。

我错过了什么？

我有一组包含基因 ID 的 newick 格式文件：

我有一个基因 ID 和物种名称之间的等价列表：

我想得到以下输出：

知道我该如何进行吗？理想情况下，在 bash 中会很棒:)