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c++ - 遗传算法中的交叉技术
我正在用 C++ 编写一个小型遗传算法框架。我的染色体被编码为位串,其中每个基因都有预定的大小。每条染色体在位串中一个接一个地存储它的基因。现在,我正在寻找实现交叉运算符。
My question is, when choosing a point after which to insert bits from the other chromosome, do I do this on a gene boundary or do I just treat the chromosome as a string of bits, and ignore the division into genes? 换句话说,我是将最小的可交换单元视为一个基因还是一个位元?
mysql - MySQL数据库组织
我必须在我的数据库中创建一个新表。从表单中,我将向数据库发送信息:
另一方面,我有另一个表(表 1),其中user id
,user name
和password
。所以我想再创建 6 个表来组织这些信息:
你认为这个组织是正确的吗?或者我应该改变什么?
非常感谢你们,人们。
r - 使用 Granges 查找染色体的重叠区域
我有一个来自一系列患者的基因组区域范围的列表。
当我使用
autoplot(dotoo, aes(fill=as.factor(Id), color=as.factor(Id)))
我看到许多重叠区域,见图
如何找出至少 3 名患者之间哪些区域重叠并共享CN
?
基本上,如果您查看图片,我如何找到“堆叠”的区域,以及仅共享的部分?有办法吗?
c++ - GAlib C++ 充分利用每一代
我正在使用 C++ 中来自http://lancet.mit.edu/ga/库的 GAlib。我用这段代码创建了一个典型的遗传算法:
然后我得到最好的个人
这几乎是标准。但我的问题是:
我怎样才能获得每一代都具有最佳适应度的阵列?
regex - 提取R中符号周围的字符
我想使用 R 和 sub 提取符号周围的字符。我尝试了很多正则表达式,但没有得到我想要的。
我的载体:
我只需要在 . 之前和之后的一个字符>
。
我最好的尝试是:
python - 匹配和合并两个文本表?
我有 2 个(相当大,约 15k 行)csv 表,格式如下:
我想使用 Python 来比较表,这样如果表 2 中的任何“符号”列与表 1 中的“Mapped_gene”匹配,则每个表中的匹配行可以合并在一起并放入输出文件中。
我试过使用 Pandas 插件,但无法正常工作。有没有人有更好的想法?
谢谢。
python - 根据现有列表过滤字典
仍然是 Python 新手,所以请放轻松...
我已经设置了字典:
我想过滤以返回键,其中每个键附加的任何值都与我设置的现有列表中的值匹配:
有任何想法吗?
编辑:我仍然无法完成这项工作。
如果有帮助,csv 表和键都是字符串。
这是扩大理解的完整代码:
错误消息:“TypeError:不可散列的类型:'list'”
python - 创建字典的子集,按值列表对原始字典进行排序。
我正在创建一个字典(第一个代码块),并希望能够根据它们的值过滤掉我不需要的键,然后将其输出到 CSV。
我想匹配的值存储在一个列表中,在下面的第二个代码块中生成。
都是字符串,没有整数。
到目前为止,这是我的代码:
和清单:
python - 创建字典,仅添加一列与列表中的值匹配的行
我有 2 个 CSV 文件。
首先,我想取 1 列并列出一个列表。
然后我想从另一个 CSV 创建一个字典,但只包含一个列中的值与之前创建的列表中已经存在的值匹配的行。
这是到目前为止的代码:
以下是 2 个示例数据文件:http ://bit.ly/1hlpyTH
有任何想法吗?提前致谢。
r - 用 R 图或组图绘制基因型图
我正在使用 hardy-weinberg 进行一个非常简单的模拟(对于所有遗传学迷),我在绘制等位基因 (0,1) 频率的频率以及最后的基因型 (0,1,2) 频率上的频率非常糟糕100代的过程。我被困在试图找出 R 的矩阵。