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我找到了一种在鸡基因组上绘制 CpG 位置的方法，如下：

结果：

...

现在我想对我的 MEDIPseq 结果做同样的事情。我已经有 .bam 格式的对齐序列 (BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4) 可供使用。

超级有趣的是每个 CpG 的覆盖率值列

预期结果：

我知道名为 MEDiPS 的 Bioconductor R 包可以做到这一点，但它使用 windows 大小。但是，我需要每个 CpG 的信息。定义 2bp 窗口大小时，脚本被终止。

我想为我所研究的生物体绘制一个描绘 14 条线性染色体的图，按比例绘制，并在每个染色体的指定位置使用彩色条。理想情况下，我想使用 R，因为这是我唯一有经验的编程语言。

我已经探索了各种方法，例如使用 GenomeGraphs，但我发现这比我想要的更复杂/显示比我拥有的更多的数据（例如显示细胞生成条带），并且通常特定于人类染色体。

我基本上想要的是以下尺寸的 14 个灰色条：

然后用彩色标记描绘沿染色体长度散布的大约 150 个位置。例如，这些位点上的标记：

理想情况下，我还希望能够根据基因座指定几种不同的颜色，例如

例如，“A”标记为蓝色，“B”标记为绿色。

这张图片中粘贴了与我想要制作的非常相似的图（来自 Bopp 等人，PlOS Genetics 2013；9(2):e1003293）：

任何人都可以推荐一种方法吗？它不一定是生物信息学包，如果有另一种方法我可以使用 R 生成 14 个特定比例大小的条，并在条的指定位置标记。例如，我一直在考虑从 ggplot2 修改一个简单的条形图，但我不知道如何在特定位置沿着条形放置标记。

我想为 GWAS 定相和估算安装 shapeit。我从 Shapeit 网站下载了适用于 macos 的 Shapeit 版本：

https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#download

我提取了该文件并获得了 shapeit 可执行文件、示例文件夹和许可文件。

接下来，我在 Mac 中打开终端，将目录 cd 到 shapeit 文件夹并按照网站的提示键入命令行：

我得到了回应：

我想这意味着我需要安装 shapeit 或为 shapeit 设置路径。但我不知道该怎么做。我对 Macos 很陌生。

有人可以帮助我吗？

我对 R 很陌生，正在尝试绘制一个包含 75 个提示和 73 个内部节点的系统发育树（第一次）。我有 4567 个 SNP 的基因型数据。

当我尝试绘制数据时，我收到以下错误消息：

我在这里做错了什么？它不可能需要这么多内存

在遗传谱系学中，X 染色体数据有助于与某些祖先联系起来。这在以下位置得到了很好的说明：X-DNA Inheritance Chart

我的 Neo4j 数据库具有每个人的节点以及连接它们的父亲和母亲的关系。每个节点都有一个属性 sex（代表 Person 的性别；M 或 F）。雌性有两条 X 染色体，一条来自父母一方。男性有一条 X 染色体，总是来自母亲。

您可以使用 reduce 来查看与祖先继承有关的性别：

因此，从男性 (RN:1) 开始，c 的结果是他父亲的 MM 和他母亲的 MF，祖父的 MMM 和外祖父的 MFM，等等。这个模式表明，当 c 包含 MM (两个 Ms 按顺序在一起）这些对起始人的 X 染色体没有贡献。

我想删除任何具有 MM 模式的节点。使用外部代码很容易做到这一点，但我无法弄清楚如何在密码查询中做到这一点。

我一直在寻找一些答案，但找不到任何有用的东西。

我正在做一个遗传学项目，我需要创建一个脚本，可以从传递的遗传学中生成一个punnett square。

我将使用的东西类似于bbEe x bbEe，但可能有更长的字符串，例如bbEeWwss x bbeeSS.

然后它可能会导致类似bbee, bbEe,bbEE

我有过使用数组来分割等位基因并将它们组合起来的想法，但我觉得这可能是非常昂贵的资源。

有没有一种聪明的方法可以实现我想要做的事情？

感谢您提供任何信息，安迪

我对 GO 分析非常陌生，我有点困惑如何在我的基因列表中进行分析。

我有一个基因列表（n = 10）：

我只是想找到它们的功能，有人建议我使用 GO 分析工具。我不确定这是否是正确的方法。这是我的解决方案：

x <- org.Hs.egGO

所以，我有一个EntrezID 列表，它被分配给每个基因的几个GO 术语。例如：

我的问题是：我怎样才能以更简单的方式找到这些基因中的每一个的功能，我也想知道我做得对吗？因为我想将该函数作为函数/GO 列添加到gene_list。

提前致谢，

我正在 R 中创建曼哈顿图，我的目标是根据 SNP 相关的特征突出显示 SNP。

这是我的主要数据框（gwas_plot）的尾部：

我有另一个数据集（gwascat_topsnp），其中包含 gwas_plot 中的 SNP 子集，并包含描述。它看起来像这样：

我在允许您突出显示特定 SNP 的特定部分更改了曼哈顿图的源代码（原始源代码在这里：https ://github.com/stephenturner/qqman/tree/master/R）。我对其进行了更改，以便 pch 对于每个“描述”类别（在上述数据框中）都是唯一的。

这是我添加的部分：

所以这是我用来绘制曼哈顿图的代码：

然而，在这里看到的输出中，描述为“高度”的两个 SNP 应该具有相同的 pch，但它们没有：其中一个有一个圆圈，一个有一个三角形，另一个特征 remians 在传奇。

有人可以帮我解决我哪里出错了吗？如果您需要更多信息，我将很乐意提供。

谢谢！

我需要为我正在学习的一门课程编写一个 Java 程序，该程序在 DNA 链中寻找基因。我遇到的问题是，从测试方法中，我需要将 printAllgenes(a) 传递给 void printAllgenes 方法。在测试方法中，我尝试将“int a”设置为“String a”，但无论哪种情况，编译时都会出错，解释 void 无法转换为 int 或 String。我确信这很明显，但我对编程很陌生，所以请原谅我的无知！谢谢你。

我有一个数据集，其中包含特定位置（脚手架）上段的初始和最终位置，如果在同一个脚手架中，其中一些段与其他段重叠。

我想要两件事：第一件事是找到所有单个脚手架中的所有重叠区域。第二种是获取一个新表，其中只包含每个“新”段的第一个和最后一个位置。输出将是：

提前致谢。