bash - 未找到 shapeit 命令 - 用于 GWAS 定相的 shapeit 安装

Question

我想为 GWAS 定相和估算安装 shapeit。我从 Shapeit 网站下载了适用于 macos 的 Shapeit 版本：

https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#download

我提取了该文件并获得了 shapeit 可执行文件、示例文件夹和许可文件。

接下来，我在 Mac 中打开终端，将目录 cd 到 shapeit 文件夹并按照网站的提示键入命令行：

shapeit -B gwas \
        -M genetic_map.txt \
        -O gwas.phased

我得到了回应：

shapeit command not found.

我想这意味着我需要安装 shapeit 或为 shapeit 设置路径。但我不知道该怎么做。我对 Macos 很陌生。

有人可以帮助我吗？

Answer 1

1. 尝试./shapeit代替shapeit, 或
2. 先运行cp shapeit /usr/local/bin，然后再试一次。