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我想用 Python 从 InChI 创建一个 ChemDraw .cdx 文件。这个答案给出了一个解决方案cdx --> InChI。

下面的最小示例cdx_to_inchi工作正常，但我不知道如何inchi_to_cdx开始工作。

我可能有比代码相关的更多技术问题。我尝试仅使用 PDB 文件执行 PCA（使用 MDAnalysis 包）——这个 pdb 文件包含 100 个对齐的结构（当然，它们是相同的——这意味着相同类型和数量的原子；它是在 PyMol 中完成的）。

我使用我之前制作的带有标准轨迹的 PCA 代码，但它返回错误“ No covariance information can be collect from asingle track frame ”。

因此，我的假设是 PCA 不能仅使用 PDB 文件完成，或者可以，但我没有正确的 pdb 输入。我想知道是否有人曾经尝试过这样的事情或者对 MDAnalysis 有很好的经验并且可以给我任何建议（我是计算化学的新手）。

我认为，代码并不是那么需要，但是我附上它：

我想使用 Python 将 OLE 对象从 Excel 表中提取到 Windows 剪贴板中。

这篇文章没有进一步帮助，因为它是针对 VBA 的。而这篇文章仍然没有得到答复。

假设给定的 Excel 表（带有 ChemDraw 或 ChemSketch OLE 对象）：

有一些 Python 模块可以处理 Excel 文件，openpyxl例如xlrd. 该模块win32clipboard可以将数据放入剪贴板。

我的问题：

1. 我看不到如何将嵌入的 OLE 对象放入剪贴板。大概，openpyxl和xlrd在一起win32clipboard不适合这个？
2. 有一个 Python 模块oletools可能可以做到，但我不明白它是如何工作的。 https://pypi.org/project/oletools/

从这个页面：

oleobj：从 OLE 文件中提取嵌入对象。

这似乎正是我正在寻找的，但是，我找不到任何 MCVE。而且不幸的是，文档oleobj基本上简化为：“阅读源代码并找出自己”。我将不胜感激提示和帮助。

到目前为止我的代码：

我正在使用 RDKit 并尝试检查分子是否完全匹配。使用Chem.MolFromSmiles()表达式后m == p显然不会导致预期的结果。当然，我可以检查是否p是 的子结构m以及是否m是 的子结构p。但对我来说，这看起来太复杂了。我在 RDKit 文档中找不到或忽略了完全匹配的代码示例。我该如何正确地做到这一点？谢谢你的提示。

代码：

我需要使用 biopython 或任何合适的编程语言来实现生物学模型（它应用了活细胞中细胞器的功能）。我是这个领域的初学者。

什么是适合这个问题的编程语言？谁能帮我 ？我该如何开始？

我正在尝试为许多小分子配体生成构象异构体，以最终与之对接。我使用 RDkit 的EmbedMultipleConfs函数生成了conformers。然而，当随后目视检查 PyMol 中的构象异构体时，我注意到 RDKit 没有为芳香部分保留正确的角度。例如，在一个带有苯基的配体中，它没有保持该基团的平面性，而是将随机角度分配给该苯基，就好像它是环己烷一样。

仅加载分子时，芳香性似乎没有问题。

有没有办法来解决这个问题？

生成conformers的部分代码：

有没有办法使用 RDKit 或其他 python 模块将 SMILES 转换为化学名称或 IUPAC 名称？

我在其他帖子中找不到非常有用的东西。

非常感谢！

所以，我有一个键的二面角图。y 轴仅从 0 到 360，x 轴是帧（想想时间步长）。如果值高于 360，我需要绘图“循环”回零，并绘制两点之间的最短距离（如果需要越过图形的边缘并“循环”返回而不是穿过图形）。

d3 的图看起来不错，但实际上需要跳过图的边缘而不是越过它。

d5 的情节有一个严重的问题，对于一个小的旋转有一个巨大的跳跃只是因为它恰好在零度以下。

我希望这两个图都朝向底部（朝向零）绘制并重新出现在图的顶部，从而有效地选择数据点之间的最短距离。我不希望涉及翻译绘图以删除这些伪影的解决方案（它有效，我已经做到了，但是您会丢失有关角度真实值的信息）。可以绘制“低于零”的解决方案（因此 y 轴从 300 到 360|0 到 200 到 300）也很棒。使用其他库的解决方案非常好。如果需要，我可以提供数据集。

我想要它做的例子（绿线）

我试图找到类似的解决方案无济于事。关于周期性边界的问题使用 numpy 数据集掩码来隐藏某些跳跃，但它们具有连续的功能（我的是“跳跃”）。

谢谢你的帮助，我真的很感激。

数据集（使它们比图表上的小一点，只保留跳过）：

D3：

最小工作示例：

使用 RDKit 绘制结构时，原子标签字体大小和环大小没有很好的比例。标签太小或太大或未对齐。

不幸的是，有关这方面的文档很少。我发现了这个： https ://rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Draw.MolDrawing.html 但我不知道这是否相关以及我将如何将它们放在一起。我缺少简单实用的代码示例。

我也尝试过Draw.MolToQPixmap，但是我经历了原子标签未对齐的情况，到目前为止，我了解到原因是难以使这个跨平台保持一致并且Draw.MolToPixmap使用旧的绘图代码。我应该使用 egDraw.MolToImage代替。但是有类似Draw.MolToFile的字体大小简直太小了。我不确定这是否也是一个跨平台问题（我在 Win10 上）。因此，解决方案是简单地设置字体大小，但是如何设置呢？

我知道有一个 RDKit 邮件列表，到目前为止我已经问过这个问题而没有答案。在 SO 上，可能有更广泛的受众，我可以附上图片进行说明。

代码：

结果：（使用Draw.MolToFile，对齐没问题，但原子标签太小）

结果：（对于小图片，使用Draw.MolToQPixmap、未对齐和/或字体太大）

编辑：（在@Oliver Scott 的建议下）

我用相同的字体大小得到了 3 倍的相同输出。我一定是某个地方的愚蠢错误或误解。

代码：

结果：

在 R 中，您如何计算出现负读数或零读数的概率？μ 和 σ 给出。